| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 151,929 | C→T | K101K (AAG→AAA) | yadL ← | putative fimbrial protein YadL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 151,929 | 0 | C | T | 99.3% | 517.1 / ‑5.7 | 144 | K101K (AAG→AAA) | yadL | putative fimbrial protein YadL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (70/73); minor base G (1/0); total (71/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATAATCCATAACGTAAATTT > NC_000913/151644‑152217 | aaaTGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACATCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTAt > 1:379061/1‑300 (MQ=255) 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gatgtgtataagagacagCATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGAt < 1:400696/283‑1 (MQ=255) cATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATa > 2:196504/1‑300 (MQ=255) cAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATAATCCAt < 1:347727/300‑1 (MQ=255) cTCGCATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTGCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATAATCCATAACGTaa > 2:582027/1‑300 (MQ=255) cATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACNGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACCATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATAATCCATCACGTAAAttt > 2:833451/1‑300 (MQ=255) cATGTGGCTCGTTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGAtctgtctcttatacacatc > 2:397144/1‑282 (MQ=255) | AAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCTCGCTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATAATCCATAACGTAAATTT > NC_000913/151644‑152217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |