| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/57); new base A (22/40); total (57/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AAAATATTACAATTAGATTATATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAATTATTCATATCCAAAGAATGTGTTTCAAACATTTTTTCAACTAAATAATGTCTGGCTTGTTCGCAGATTTCGTTAACCTTGTCAGGGGAGAAACAATGATTATTAATTAAATATTGCTCACAATTATCCACAAATTCCTGCGGACTAAATTCAGCAATAAATTGATCGGTAAAAAACACAAAACGCTTATCATCATGAAATGTAATATGGACATTCCATATTGATTTGTCGACAAAATATGACTCTACTTCAAGAGACTTATCTTTGAAACTGGTAGGTATATGGAGATTTACAGGACCTGATATTGATGGTAATTTTGTTACCCAACTTTCAAAAATTTTGATAAAAACATCAACTTCTTCTGAAGGTTTTAACAATATACTCTTCAGATCGTTTATCATGTTTATTCTTTTTTTTCAAGTTCTGAGCATAGCAAGCTTATCAAGGGTATAAAATTATCCATCTCATCAATAATGCCTTTTGTATAGCCATCATAATAACCTTGAATAAATTTT > NC_000913/2995264‑2995859 | aaaaTATTACAATTAGATTATATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAATTATTCATATCCAAAGAATGTGTTTCAAACATTTTTTCAACTAAATAATGTCTGGCTTGTTCGCAGATTTCGTTAACCTTGTCAGGGGAGAAACAATGATTATTAATTAAATATTGCTCACAATTATCCACAAATTCCTGCGGACTAAATTCAGCAATAAATTGATCGGTAAAAAACACAAAACGCTTATCATCATGAAATGTAATATGGACATTACat < 1:186693/300‑1 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AAAATATTACAATTAGATTATATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAATTATTCATATCCAAAGAATGTGTTTCAAACATTTTTTCAACTAAATAATGTCTGGCTTGTTCGCAGATTTCGTTAACCTTGTCAGGGGAGAAACAATGATTATTAATTAAATATTGCTCACAATTATCCACAAATTCCTGCGGACTAAATTCAGCAATAAATTGATCGGTAAAAAACACAAAACGCTTATCATCATGAAATGTAATATGGACATTCCATATTGATTTGTCGACAAAATATGACTCTACTTCAAGAGACTTATCTTTGAAACTGGTAGGTATATGGAGATTTACAGGACCTGATATTGATGGTAATTTTGTTACCCAACTTTCAAAAATTTTGATAAAAACATCAACTTCTTCTGAAGGTTTTAACAATATACTCTTCAGATCGTTTATCATGTTTATTCTTTTTTTTCAAGTTCTGAGCATAGCAAGCTTATCAAGGGTATAAAATTATCCATCTCATCAATAATGCCTTTTGTATAGCCATCATAATAACCTTGAATAAATTTT > NC_000913/2995264‑2995859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |