New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1469296 = | NA (NA) | 23 (0.200) | 17/594 | 5.7 | 18.4% | noncoding (1/1221 nt) | IS30 | repeat region |
? | NC_000913 | = 1995730 | 102 (0.890) | coding (76/177 nt) | yecU | protein YecU | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGCTCGTATCTCCTCGCGCTCAGACAGTGTCAGGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1469565‑1469296 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGGACAATCGAATTGACAAAAACGAGAGAAAAATCGAATACCCACCATTTTTAACGT < NC_000913/1995730‑1995439 CAGCTCGTATCTCCTCGCGCTCAGACAGTGTCAGGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAG < 1:101858/300‑1 CGCTCAGACAGTGTCAGGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTA > 1:856993/1‑300 GTGTCAGGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACNTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGAC > 1:671630/1‑300 GTGTCAGGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCATTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCCCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACCGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAACATAAGTTAACATAATGcc > 2:276871/1‑298 GGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAA > 1:190942/1‑300 GCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGAATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTC < 2:202086/300‑1 CCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTNAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCNTTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTGTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAAT > 2:663732/1‑300 CCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTCTAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAAT > 1:421658/1‑300 CCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAAT > 1:73209/1‑300 AGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATAT > 1:34437/1‑300 AGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACAT > 1:240210/1‑300 AGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGT < 1:596396/300‑1 TTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCACCCAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGCCCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGACATTGGCAGTGCTCTAAAATACGTTAATATCATGACTAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAACGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTCGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGTCGT > 1:838717/1‑300 GCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTGTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGAC > 2:818361/1‑300 ATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGNTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACANTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTG > 2:881121/1‑300 TTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACC < 1:449143/300‑1 CTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAAC < 1:256312/300‑1 AAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTTACATAACTGTGGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATAGCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGGAC < 2:264620/300‑1 AAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGGAC < 1:519481/300‑1 CTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGGACAATCGAATTGACAAAAACGAGAGAAAAATCGAA > 2:734190/1‑300 CTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTAAAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTCCATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGGACAATCGAATTGACAAAAACGAGAGAAAAATCGAA > 2:563081/1‑300 AATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAAATGTGGACAATCGAATTGGCAAAAACGAGAGAAAAATCGAATACCCACCATTTTTAAggt > 2:288396/1‑297 AATCTACAGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAANATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGNACAATCGAATTGACAAAAACGAGAGAAAAATCGAATACCCACCATTTTTAACGT > 2:882990/1‑300 CAGCTCGTATCTCCTCGCGCTCAGACAGTGTCAGGTGAGCTACAGCCCGCTTACGCTCATGGGGTTTTATGCCGCCAGTATCCCTTAACATAGTGAAGATCGTTCCGGGTTTTGAACCCAGGATATTCGCTATTTCACTGAAGCCTGTTCCGTTCTTCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1469565‑1469296 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caGTGGTTGTTTTTTGAGCGTGATATCGGCAGTGCTATAAAATACGTTAATATAATGACCAATAAATATTTTTATCATGAATGTTTTTTGCCCGTATTGTTCGGGTTAATTAATGTTACATATTCAGCGGGCTGATTTTCATTTTTGCTGAATAAAGTCAATTTTTGTCACATTTCATCGTAGGGCTTACTGTGAAACGATCCGGTAAGCCGTTGGTGACGGGCGTGACCATAACTGTGGACAATCGAATTGACAAAAACGAGAGAAAAATCGAATACCCACCATTTTTAACGT < NC_000913/1995730‑1995439 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |