Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,322,288 | A→G | F45F (TTT→TTC) | phnF ← | putative transcriptional regulator PhnF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,322,288 | 0 | A | G | 93.9% | 235.9 / NA | 66 | F45F (TTT→TTC) | phnF | putative transcriptional regulator PhnF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (31/31); minor base T (0/4); total (31/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCAAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATCAGATAAAGTGCTTACGCAACCGTTGAGAGAGGAAATCCAGCAGGCTGACCGTGACGATGATAAGCACCATCAGGGCGCAGGTTTGTTGGAACTGGAAACCGCGAATCGCTTCCCACAGGGTGACGCCGATCCCGCC > NC_000913/4322004‑4322580 | ccGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGt > 1:165981/1‑300 (MQ=255) ttGACACGACGCAGGGTGCGCAGGGGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTtgc < 1:432753/300‑1 (MQ=255) gACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTtgctg < 1:394142/300‑1 (MQ=255) acacGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTtgctgc > 2:829993/1‑300 (MQ=255) gacgCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTcgg > 1:531557/1‑300 (MQ=255) gggTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGCGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCAACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGaa > 1:556534/1‑300 (MQ=255) gggTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGaa > 1:752632/1‑300 (MQ=255) gggTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCACAGTGCGTCAGCGACGTGGCAGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTAGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGCGTGGCGCTTCCCCTAGAAGCGCGCCGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGaa > 2:221312/1‑300 (MQ=255) gTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGa > 1:260327/1‑300 (MQ=255) gcgcAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGNCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATa > 1:597707/1‑300 (MQ=255) 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ctcCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAgtg < 1:57602/300‑1 (MQ=255) tcCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAgtgt < 1:48034/300‑1 (MQ=255) tCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTcat > 1:204263/1‑298 (MQ=255) 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tggtggGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACa < 1:519541/300‑1 (MQ=255) gtggGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAg < 1:351858/300‑1 (MQ=255) tGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATa > 1:437990/1‑300 (MQ=255) tGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTATTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATa > 1:128602/1‑300 (MQ=255) gCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGatat > 1:368566/1‑300 (MQ=255) aTTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTAt > 2:281145/1‑300 (MQ=255) ttCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTagc < 1:673217/300‑3 (MQ=255) ttCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATc < 1:673226/300‑1 (MQ=255) tgctgacTAAAAAGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGTAAGATATTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGTTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATc < 2:301715/294‑1 (MQ=255) 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gcgcTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGACTATCAGATAAAGTGCTTACGCAACCGTTGAGAGAGGAAATCCCGCAGGTTGACCGTGACGATGATACGCACCACCAGGgcg > 2:654987/1‑300 (MQ=255) gcTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCGGGGTGTGGCGGTTCACCTCGAAGTGTGCTGCCAGTTGCTGCTCGGGGGGAAGGTAGTCGCCGCGGCGGTAGTGCTGACGAAGCTCCTGCTCGAGTTTTGCGGCTATCTCTTACTAACGTGTTGGGTCGCTGGTAGGATGTGTAGACAAGTGCATAGCTATCAATGCATCGTTTATCGGATGAGGTGCTTACGCAACCGTTGAGGGGGGGGATTCAGTAGGCTGGACGTGACGATGATAAGCACTATCAGGGTGCa > 2:83680/1‑300 (MQ=255) ccaccaGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATCAGATAAAGTGCTTACGCAACCGTTGAGAGAGGAAATCCAGCAGGCTGACCGTGACGATGATAAGCACCATCAGGGCGCAGGTTTGTTGGAACTGGaa < 1:178849/300‑1 (MQ=255) 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tCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACTAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCNTGTTGGGTAGCTGTTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATCAGATAAAGTGCTTACGCAACCGTTGAGAGAGGAAATCCAGCAGGCTGACCGTGACGATGATAAGCACCATCAGGGCGCAGGTTTGTTGGAACTGGAAACCGCGAATCGCTTCCCACAGGGTGACGCCGATCCCGcc < 2:739680/300‑1 (MQ=255) tCACCTCGAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATCAGATAAAGTGCTTACGCAACCGTTGAGAGAGGAAATCCAGCAGGCTGACCGTGACGATGATAAGCACCATCAGGGCGCAGGTTTGTTGGAACTGGAAACCGCGAATCGCTTCCCACAGGGTGACGCCGATCCCGcc < 1:164194/300‑1 (MQ=255) | CCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGGTAATCCCCAGTGCGTCAGCGACGTGGCCGGACGCGGGGCGCAATACCGAAAGCAGTTTTTCGCTGGTGGGATGGCTGCCCTGATCCAGCAGATTCTGGCTAAAACGCGCCTGGGCGTTGAGCGGGTAATCGAACGGGCGCATCAGCACCAGCACGCCGACGCCCTGACGGCGCTGTACCCAGCCTTTTTCCACCAGTTGGTCGATGGCGCGGCGCAGGGTGTGGCGATTCACCTCAAAGCGCGCTGCCAGTTGCTGCTCGGCGGGAAGATAGTCGCCGCAGCGGTAGTGTTGACGAAGCTCCTGCTCAAGTTTTGCGGCTATCTCTTGATAGCGTGTTGGGTAGCTGGTCGGATGTGTAGACAAGTGCATAGATATCAATGCCTCGCTTATCAGATAAAGTGCTTACGCAACCGTTGAGAGAGGAAATCCAGCAGGCTGACCGTGACGATGATAAGCACCATCAGGGCGCAGGTTTGTTGGAACTGGAAACCGCGAATCGCTTCCCACAGGGTGACGCCGATCCCGCC > NC_000913/4322004‑4322580 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |