| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,465,502 | G→A | E141K (GAG→AAG) | gspM → | Type II secretion system protein GspM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,465,502 | 0 | G | A | 99.2% | 482.7 / NA | 132 | E141K (GAG→AAG) | gspM | Type II secretion system protein GspM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (68/62); minor base C (1/0); total (69/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GCATCAGTCCCACGCGCAAAAAATTAAGAAGGACATCAAATGGATGCAGGATCAAGCGAGCACCCATGGTTTACTCGGTCATCCTGCGCTTACGCAGCCCATCAAAAATATCCTTCTCGAGGAAGCAAAACGTGAGAATTTGGCTATCACGCTGGAAAACGGCCCGGACAATACTCTGACAATTCATCCTGTCACAGCTCCCCTCGAAAACGTCTCCCGCTGGCTCACTACGGCACAGGTAACATACGGTATTGTTATTGAAGACCTTCAGTTTACTCTTGCCGGAAAC‑GAAGAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAATGCCATCGCCTATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAAAACGGCGTTAACGTTTCGCCAGGTATTGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGGCGCACTCTTTCTC > NC_000913/3465210‑3465788 | gCATCAGTCCCACGCGCAAAAAATTAAGAAGGACATCAAATGGATGCAGGATCAAGCGAGCACCCATGGTTTACTCGGTCATCCTGCGCTTACGCAGCCCATCAAAAATATCCTTCTCGAGGAAGCAAAACGTGAGAATTTGGCTATCACGCTGGAAAACGGCCCGGACAATACTCTGACAATTCATCCTGTCACAGCTCCCCTCGAAAACGTCTACCGCTGGCTCACTACGGCACAGGTAACATACGGTATTGTTATTGAAGACCTTCAGTTTACTCTTGCCGGAAAC‑GAAAAGATCAc > 1:215747/1‑300 (MQ=255) 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aGTTTACTCTTGCCGGAAAC‑GAAAAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAATGCCATCGCATATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAAAACGGCGTNAACGTTTCGCCAGGTATTGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGgcgc > 2:210099/1‑300 (MQ=255) gTTTACTCTTGCCGGAAAC‑GAAAAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAATGCCATCGCCTATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAAAACGGCGTTAACGTTTCGCCAGGTATTGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGGCGCa > 1:112864/1‑300 (MQ=255) tGCCGGAAAC‑GAAAAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAANGCCATCGCCTATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAGAACGGCGTTAACGTTTCGCCAGGTATNGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGGCGCACTCTTtctc < 2:690820/300‑1 (MQ=255) | GCATCAGTCCCACGCGCAAAAAATTAAGAAGGACATCAAATGGATGCAGGATCAAGCGAGCACCCATGGTTTACTCGGTCATCCTGCGCTTACGCAGCCCATCAAAAATATCCTTCTCGAGGAAGCAAAACGTGAGAATTTGGCTATCACGCTGGAAAACGGCCCGGACAATACTCTGACAATTCATCCTGTCACAGCTCCCCTCGAAAACGTCTCCCGCTGGCTCACTACGGCACAGGTAACATACGGTATTGTTATTGAAGACCTTCAGTTTACTCTTGCCGGAAAC‑GAAGAGATCACCCTCAGGCATTTGTCCTTCAGGGAGCAACAATAATGACAATGCTACTGCCGCTCTTCATTCTGGTTGGTTTTATTGCAGATTATTTTGTTAATGCCATCGCCTATCACCTCTCGCCGTTGGAGGATAAAACGGCGTTAACGTTTCGCCAGGTATTGGTTCATTTCAGGCAAAAAAAATATGCCTGGCATGATACAGTGCCCCTGATACTTTGTGTTGCTGCTGCTATCGCCTGCGCCCTGGCACCTTTCACGCCCATCGTGACTGGCGCACTCTTTCTC > NC_000913/3465210‑3465788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |