| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,779,623 | C→T | S1035N (AGC→AAC) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,779,623 | 0 | C | T | 98.5% | 238.3 / NA | 67 | S1035N (AGC→AAC) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (33/33); minor base G (0/1); total (33/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGGGCTGACGCCGGTATCCTGAACAAAGATTTTAAAATTACCAGTGGCGTTGTTGTTGACGACCAGTTGATCGCCCCGGGAGCCTGCAACGTTGGTATGCAGGTAGAAATTACCGCTACCGGAAAGTTCATTGGTTGTCAGCGTATTGTAGATACCGTTAGTTGTGGCAGGCGCTGCTGTTTGTGCTGACAAATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCCTTCGAGTTTAACTGGCGTAACATTATCCCGTGGCGTCATTAACGACAGGCTTCCTGTCGCGCCACTGACCGATGCATCCGCCAGCGTACCTGCGTAGACGATTGCCGTACCGCCAGCGACCTGGAGATCTTCTGCCCGGGCCAGAGCCTGAAACTCATCTTTTGACCGCCCAAGGGTATATTGCCCGCCAGAGTTAACCTTTGTGGCG > NC_000913/2779330‑2779913 | gtgGGCTGACGCCGGTATCCTGAACAAAGATTTTAAAATTACCAGTGGCGTTGTTGTTGACGACCAGTTGATCGCCCCGGGAGCCTGCAACGTTGGTATGCAGGTAGAAATTACCGCTACCGGAAAGTTCATTGGTTGTCAGCGTATTGTAGATACCGTTAGTTGTGGCAGGCGCNGCTGTTTGTGCTGACAAATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTNCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGTTGGCAg < 2:607239/300‑1 (MQ=255)gtgGGCTGACGCCGGTATCCGGAACAAAGATTTGAAAATTACCAGTGGCGTTGTTGTTGACGACCAGTTGATCGCCCCGGGAGCCTGCAACGTTGGTATGCAGGTAGAAATTACCGCTACCGGAAAGTTCATTGGTTGTCAGCGTATTGTAGATACCGTTAGTTGTGGCAGGCGCTGCTGTTTGTGCTGACAAATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGTTGGCAg < 1:844660/300‑1 (MQ=255) cGCCGGTATCCTGAACAAAGATTTTAAAATTACCAGTGGCGTTGTTGTTGACGACCAGTTGATCGCCCCGGGAGCCTGCAACGTTGGTATGCAGGTAGAAATTACCGCTACCGGAAAGTTCATTGGTTGTCAGCGTATTGTAGATACCGTTAGTTGTGGCAGGCGCTGCTGTTTGTGCTGACAAATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGTTGGCAGCCGTCAGGt > 2:14179/1‑300 (MQ=255) aCAAAGATTTTAAAATTACCAGTTGCGTTGTTGTTGACGACCAGTTGATCGCCCCGGGAGCCTGCAACGTTGGTATGCAGTTAGAAATTACCGCTACCGGAAAGTTCATTGGTTGTCAGCGTATTGTAGATACCGTTAGTTGTGGCAGGCGCTGCTGTTTGTGCTGACAAATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGTTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTa < 2:128105/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |