| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1286906 | 64 (0.600) | 12 (0.120) | 10/558 | 7.0 | 18.1% | coding (198/276 nt) | ychS | putative uncharacterized protein YchS |
| ? | NC_000913 | 1287557 = | 49 (0.500) | noncoding (66/85 nt) | tyrT | tRNA‑Tyr | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTA > NC_000913/1286611‑1287202 | tATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAATTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc < 1:656364/300‑1 (MQ=255)tATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc < 1:482944/300‑1 (MQ=255)tATCCGACCGACAGGGTAGGATATGGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTTGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc < 1:471513/300‑1 (MQ=255) tgtgtataagagacagggaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGTGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCTGCAACGATCT‑CTCGCTGGCGCTCGATTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGG‑CAGAATATGGAATTGCGGATTCGTG‑GGGAAGTTCAGGGACTTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgaacc < 1:539873/284‑7 (MQ=14) ccGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCAGCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCNCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGANAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgc < 2:603295/300‑1 (MQ=255) cgaccgacAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGAAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAATCGATGGTGGTGGGGGAAGGATGACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAATGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTG‑GGATTCGCTTGAGAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:804617/300‑1 (MQ=18) gacctacattgtcggacatTGTATGCCCGGTAAACGTGGTGCCAGCGGGCAAAATTAGCTCTGATTAACAGGTTTTTATTATTTAAGGAAGCGATGTTGGTGTGGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACACTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAACTTCTCATCCTTCCCCGCTTGTG‑CAGAATATTCGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGTTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 2:222814/283‑1 (MQ=18) gACCTACAGTGGAGGATATTGGAGTCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGTGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:635404/300‑1 (MQ=255) gACCTACAGGTGAGGATATTGTAGTCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:770554/300‑1 (MQ=255) gACCTACAGGGGAGGATATTGTATGCCCGGGAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 1:359149/300‑1 (MQ=255) 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agtggaggaTATTGTAGGCCCGGGAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGTGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcgc < 1:260961/297‑1 (MQ=255) aagaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgaaccttcgaagtcgatgac < 2:385323/298‑22 (MQ=11) ggaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGTTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAATTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATGCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc < 1:112053/300‑1 (MQ=255) ggaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCCCCACTCTCCACTCTCCACCCCTCGAATCGTCTCCTACGACAACGCTCC‑CTCCCCTCCACTCCCATCGCACCTCTATCTAATCTTCTCATCCTTCCCCGAATGGG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgaaccctgtctcttctacaca > 2:531841/1‑278 (MQ=2) ggaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcaccccctctaagcccctaaca > 1:814732/1‑278 (MQ=17) ggaTAGTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc < 1:145987/300‑1 (MQ=255) gaTATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGccc < 1:304057/300‑1 (MQ=255) atTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGNTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCNTCCTTCCCCGCATGGG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGAAAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttctacccttctacgcccctcacaacca > 2:675544/1‑274 (MQ=14) atTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGNTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTANTCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCAGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTAAGTGCCTCGCCCTTc > 2:675397/1‑300 (MQ=255) atTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCGAATCGANCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAGTATTTAACTGCGGAGTTGTTTGGGAA‑TTCAAGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcgcccgccctacgtccttagcactta > 2:217172/1‑274 (MQ=18) atTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTTGAGAG‑TTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcccccgttctgcgttcttagcactca > 2:443951/1‑274 (MQ=18) ttGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGATTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttcaaaccttcgaagtcgctgaaggcaga > 2:509320/1‑273 (MQ=14) 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cAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTccac > 1:760827/1‑297 (MQ=255) atgctgactttggtcgggtcTTCTCATCCTTGCCTGCTGGGG‑CAGAGGATTTGAGTGTGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGTGCTTTGGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCGGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGTGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTTGTCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTTGTTTGAGAGTTCATGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 2:427781/281‑1 (MQ=14) aGTCTAACCTTGGGCGAAGCGTCTCATCCTTCCCCGCGTGTG‑CAGAATATTTAATTGCGGATTAGTTTGAGAA‑TTCCGGGGTTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCTTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGATGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcgc < 2:3316/300‑1 (MQ=17) 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TATCCGACCTACAGGGGAGGATATTGTAGGCCCGGTAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCT‑CTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGG‑CAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAA‑TTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTA > NC_000913/1286611‑1287202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |