Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 809,217 | 2 bp→AG | coding (40‑41/1290 nt) | bioA ← | adenosylmethionine‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 809,217 | 0 | C | A | 100.0% | 286.5 / NA | 80 | W14M (TGG→CTG) | bioA | adenosylmethionine‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (44/36); total (44/36) | |||||||||||
* | NC_000913 | 809,218 | 0 | A | G | 98.8% | 299.8 / NA | 80 | W14M (TGG→CTG) | bioA | adenosylmethionine‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (43/36); minor base T (1/0); total (44/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCCAGATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACAAGTCTACACCGAATTAACAACAAAAAACACGTTTTGGAGAAGCCCCATGGCTCACCGCCCACGCTGGACATTGTCGCAAGTCACAGAATTATTTGAAAAACCGTTGCTGGATCTGCTGTTTGAAGCGCAGCAGGTGCATCGCCAGCATTTCGATCCTCGTCAGGTGCAGGTCAGCACGTTGCTGTCGATTAAGACCGGAGCTTGTCCGG > NC_000913/808926‑809506 || gAGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCTGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGTTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATgg < 2:830857/300‑1 (MQ=255) aGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGTCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCAGGGGTGATACCGCCAAACACCACATGCGACATGGCATCAATCTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGTTGATTGTAGCCGTGAAGCGCCGCCCACCGAGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATGGc < 2:237289/300‑1 (MQ=255) aGTCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGCACAGCTCAATGGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATGGc < 1:20925/300‑1 (MQ=255) tCCGCGAGAAAAACGCACTCCAGCGGTTGCGGCGTCATCGCCACCAGTTTGCGGNACAGCTCAATTGCTGGCGCATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCACATTAAGCTGCGGTTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATGGCGt < 2:627171/300‑1 (MQ=255) 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gcgcATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACaa > 1:381278/1‑300 (MQ=255) gcgcATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTACGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACaa > 2:389258/1‑300 (MQ=255) cgcATGGGTGATACCGCCAAACATCACATGCGACATGGCATCAATTTGCGACTTCATCGCCGCATTAAGCTGCGGGTGATTGTAGCCGTGGATCGCCGCCCACCAGGACGACATACCGTCAACCAGGCGTCTGCCGTCAGACAAAATCAGCTCGCAACCTTCGGCGCTCACCACCGGATAAACCGGCAGAGGGGAGGTCATGGATGTGTATGGGTGCAGGATATGGCGTTGGTCAAAGGCAAGATCGTCCGTTGTCATAATCGACTTGTAAACCAAATTGAAAAGATTTAGGTTTACAAg < 1:317419/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |