| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,449,779 | G→A | S35S (AGC→AGT) | rpsC ← | 30S ribosomal subunit protein S3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,449,779 | 0 | G | A | 99.0% | 338.0 / NA | 97 | S35S (AGC→AGT) | rpsC | 30S ribosomal subunit protein S3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (50/46); minor base C (1/0); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCCAGCTGAGAAGTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGCTGGTGCGCTTCAGGATGCGATCTGCACGACCTTTTGCACGCGGCATAATGCGCTTCATGCTCGGGCCTTCGTCTACGAAAATTTTCGTAACTTTCAGATCGTCAATGTCAGCGCCATCGTTGTGTTCAGCGTTAGCAATGGC > NC_000913/3449508‑3450074 | gTTCCAGCTGAGAAGTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTgg > 1:744277/1‑300 (MQ=255) gCTGAGAAGTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAAAGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCCGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCg > 2:115876/1‑300 (MQ=255) aaGTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCCGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGCCGTACTTTAAAATCACTATCCAGGTTGTCAGCGAACTCTTTGGTGTTCGCAAAct > 1:296506/1‑299 (MQ=255) aaGTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAAcc > 1:761772/1‑300 (MQ=255) gTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAg > 2:547334/1‑300 (MQ=255) gTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGtt > 1:790006/1‑300 (MQ=255) tttGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACa < 1:178100/300‑1 (MQ=255) ttGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAAAGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCNATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACaa < 1:592493/300‑1 (MQ=255) ttGCGGCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGGTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACaa < 2:506552/300‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTCAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATAcc > 1:184192/1‑300 (MQ=255) 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ggCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCAATGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATa > 1:337720/1‑300 (MQ=255) gCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATAc < 1:50299/300‑1 (MQ=255) gCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTCTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCACTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATAc < 1:274777/300‑1 (MQ=255) 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GTTCCAGCTGAGAAGTGATGCTGTCAGCAACCAGTTTTGCGTCCAGTTCAGGCTTACGAACTTCGGCGATGTTGATCTGTGCAGGAACGCCAGCGATGTCCGCTACGACCTTACGCAGTTTTTCTACGTCTTCACCTTTTTTACCGATAACGATACCCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGCTGGTGCGCTTCAGGATGCGATCTGCACGACCTTTTGCACGCGGCATAATGCGCTTCATGCTCGGGCCTTCGTCTACGAAAATTTTCGTAACTTTCAGATCGTCAATGTCAGCGCCATCGTTGTGTTCAGCGTTAGCAATGGC > NC_000913/3449508‑3450074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |