Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,955,304 | C→T | R609R (CGC→CGT) | ilvD → | dihydroxy‑acid dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,955,304 | 0 | C | T | 98.9% | 328.4 / NA | 93 | R609R (CGC→CGT) | ilvD | dihydroxy‑acid dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (31/60); minor base G (0/1); total (31/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCACCGACGGTCGTTTCTCTGGTGGCACCTCTGGTCTTTCCATCGGCCACGTCTCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGCGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGCAGTGCTGCGCGCGCCGGTTTACGAGGCGGCGCAGGTTACGCCGCTACAAAAAATGGAAAAACTGTCGTCGCGTCTTGATAACGTCATTCTGGTGAAGCGCGAAGATCGCCAGCCAGTGCACAGCTTTAAGCTGCGCGGCGCATACGCCATGATGGCGGGCCTGACGGAAGAACAGAAAGCGCACGGCGTGATCACTGCTTCTGCGGGTAACCA > NC_000913/3955008‑3955599 | atcagcgatgttCGTTTTTCTGGTTGCACCTCTGGTCTTTCCGTCGGCCACGTCTCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAGGATGGTTGCTTGGTCGTTAGCGACATCCCGAACCGTTGCATTCAGTTACAGGTAAGCGAGACCGAACTGTCGGTGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCGGGACGCCGAAAGAGCGGGAACGGCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTAGGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGGGAt < 2:89982/289‑1 (MQ=255) aTCACCGACGGTCGTTTCTCTGGTGGCACCTCTGGTCTTTCCATCGGCCACGTCTCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGAt < 2:469095/300‑1 (MQ=255) aTCACCGACGGTCGTTTCTCTGGTGGCACCTCTGGTCTTTCCATCGGCCACGTCTCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGAt < 1:34703/300‑1 (MQ=255) aTCACCGACGGTCGTTGCTCTGGTGGCACCTCTGGTCTTTCCAGCGGCCACGTCTCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGTGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGAt < 2:425068/300‑1 (MQ=255) tCGTTTCTCTGGTGGCACCTCTGGTCTTTCCATCGGCCACGTCTCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACt < 1:276551/300‑1 (MQ=255) ggtggCACCTCTGGTCTTTCCATCGGCCACGTCTAACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAGCATTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTtaa > 1:198921/1‑300 (MQ=255) ggCACCTTTGGGCTTTCCATCGGCCACGGCGCACCGGAAGCGGCAAGCGGCGGCAACATCGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCTGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGGCAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCTTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTtaataa < 2:309391/300‑1 (MQ=255) 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agcaTTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACGGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGNACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGNTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAagag < 2:569888/300‑1 (MQ=255) gtaTTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGTGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCAGGTGCTCATGAAGGTGCAGAATATTTAAGAGc > 2:159677/3‑300 (MQ=255) gcaTTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGc > 1:372605/1‑300 (MQ=255) gcaTTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTGACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGc < 1:371120/300‑1 (MQ=255) gcaTTGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCAGAACCGTGGCGTTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCAGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCATGTCCGGTGCCCCGGAAGGTGCAGAATATTTAAGAGc > 2:157626/1‑300 (MQ=255) tGGCCTGATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAggctgtctcttatacacatctcgc < 1:525098/300‑23 (MQ=255) 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gATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGGAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTAGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGCAGTGCTgcgc > 2:87438/1‑300 (MQ=255) gATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTGAGAGCAGTGCTgcgc < 1:669048/300‑1 (MQ=255) gATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGCAGTGCTgcgc < 2:483955/300‑1 (MQ=255) gATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATTCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGCAGTGCTgcgc < 1:515175/300‑1 (MQ=255) gATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATGCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACANAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCNTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGCAGTGCTgcgc < 2:672943/300‑1 (MQ=255) gATTGAAGATGGTGACCTGATCGCTATCGACATCCCGAACCGTGGCATGCAGTTACAGGTAAGCGATGCCGAACTGGCGGCGCGTCGTGAAGCGCAGGACGCTCGAGGTGACAAAGCCTGGACGCCGAAAAATCGTGAACGTCAGGTCTCCTTTGCCCTGCGTGCTTATGCCAGCCTGGCAACCAGCGCCGACAAAGGCGCGGTGCGTGATAAATCGAAACTGGGGGGTTAATAATGGCTGACTCGCAACCCCTGTCCGGTGCTCCGGAAGGTGCCGAATATTTAAGAGCAGTGCTgcgc < 2:431758/300‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |