| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
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cTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTcc > 1:850560/1‑300 (MQ=255) atattatgtcgccctatagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtaagcaataccaggaaggaagtcttactgctgtcgccgccggag > 1:79708‑M1/15‑16 (MQ=255) aTGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTCCGCCAt > 1:475579/1‑300 (MQ=255) atccagTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTCCGCCATa > 1:496361/6‑300 (MQ=255) aagtaaatagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtaagcaataccaggaaggaagtcttactgctgtcgccgccggagaacaggttg < 2:397787‑M1/294‑294 (MQ=255) ggTATAtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtaagcaataccaggaaggaagtcttactgctgtcgccgccggagaacaggttgt > 1:486864‑M1/1‑6 (MQ=255) | AGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTCCGCCATAAAAT > NC_000913/1313686‑1314276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |