| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1313978 = | 107 (1.010) | 19 (0.180) | 18/598 | 4.5 | 15.1% | intergenic (‑315/‑42) | yciC/ompW | putative inner membrane protein/outer membrane protein W |
| ? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | noncoding (706/706 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTCCGCCATAAAAT > NC_000913/1313681‑1314276 | tATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGta < 1:269419/300‑1 (MQ=255) gcgagatgtgtataagagacagaTTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGtata > 1:734545/23‑300 (MQ=255) agggggtaagtAGCGGGCAAGTGTACCCTGGTTAAGCCTCGTGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTc < 2:361327/290‑1 (MQ=255) aGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGTCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATAtag < 2:429720‑M1/300‑4 (MQ=255) aGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATAtag < 2:812398‑M1/300‑4 (MQ=255) gtgtTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTCCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATNTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGNTCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATAtagac < 2:593685‑M1/300‑6 (MQ=255) gtTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCa > 2:49033/1‑300 (MQ=255) 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aCCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAAACAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATAtcgactggccccctgaatctccagaca > 2:256438‑M1/1‑273 (MQ=255) cccTGGTTAAGCCTAGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAacgac > 2:439478/1‑300 (MQ=255) cTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTGAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACgg < 1:97920/300‑1 (MQ=255) 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gaaatataggggcaaatccagTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGa > 1:248173/21‑300 (MQ=255) ttGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGc < 2:797318/300‑1 (MQ=255) gTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCg < 1:726275/300‑1 (MQ=255) cTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTcc > 1:850560/1‑300 (MQ=255) atccagTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTCCGCCATa > 1:496361/6‑300 (MQ=255) ggTATAtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtaagcaataccaggaaggaagtcttactgctgtcgccgccggagaacaggttgt > 1:486864‑M1/1‑6 (MQ=255) | TATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACCAGGATTCTCAATGCAACTTCTAAATTAATCCAGATCAATAAAGGGTGAATTATCATATGTAATGTGATCTATGTAGGATCATTTGTTACTCCAATGTAGGTATATTCGTCACGTTTTTATAACCATAACGACGGAGCGGATATGAAAAAGTTAACAGTGGCGGCTTTGGCAGTAACAACTCTTCTCTCTGGCAGTGCCTTTGCGCATGAAGCAGGCGAATTTTTTATGCGTGCAGGTTCTGCAACCGTACGTCCAACAGAAGGTGCTGGTGGTACGTTAGGAAGTCTGGGTGGATTCAGCGTGACCAATAACACGCAACTGGGCCTTACGTTTACTTATATGGCGACCGACAACATTGGTGTGGAATTACTGGCAGCGACGCCGTTCCGCCATAAAAT > NC_000913/1313681‑1314276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |