| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,603,321 | C→T | L101L (CTC→CTT) | lsrC → | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,603,321 | 0 | C | T | 98.8% | 293.2 / NA | 80 | L101L (CTC→CTT) | lsrC | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (48/31); minor base G (0/1); total (48/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGAAATCACGGCACTGCTGGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGATTGAAGGGTTACCCGCCGAACTGAAACAGCTCTCCGCCCCGCTGCTGCTTGGCGTTTCAGCAATTGGTTGGTTGACGATAATTCTGGTGGCATTTATGGCCTGGCTGCTGGCAAAGACGGCGTTTGGACGCAGTTTTTATGCCACGGGCGATAATTTACAGGGCGCTCGTCAACTG > NC_000913/1603044‑1603615 | gTGAAATCACGGCACTGCTGGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTcc < 1:523704/300‑1 (MQ=255) aaaccatggCACTGCTGGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTTACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCGGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTgg < 2:245134/293‑1 (MQ=255) aaaTCACGGCACTGCTGGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGTTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTgg < 1:186861/300‑1 (MQ=255) cACTGTTGGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCTGTTTTCCTCGACCGCCAGTATTTAGGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATTGGCGCGACGCTGGNAATGCCTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTTGCGTGGc < 2:198013/300‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACNCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGANGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGCTGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTACACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTa > 2:559045/1‑300 (MQ=255) ctgctgGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCACTATTGATGTTTAAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCCTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTa > 2:269507/1‑300 (MQ=255) gctgGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTaaa > 2:491102/1‑300 (MQ=255) tgGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGa < 1:616331/300‑1 (MQ=255) tgGCGGTGGTGCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACATGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGa > 1:412488/1‑300 (MQ=255) gtgCTGCTGTTTGTATTACCCGGTTTTCTCGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGcc > 1:189128/1‑300 (MQ=255) 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tcGACCGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCAGGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCTGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt < 2:290926/300‑1 (MQ=255) cGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTAc < 2:489663/300‑1 (MQ=255) cGCCAGTATTTAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTTGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTAc < 1:296627/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |