Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,135,235 | G→A | Q169Q (CAG→CAA) | flgG → | flagellar basal‑body rod protein FlgG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,135,235 | 0 | G | A | 99.0% | 340.3 / NA | 96 | Q169Q (CAG→CAA) | flgG | flagellar basal‑body rod protein FlgG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/48); minor base C (1/0); total (48/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGGTACGCCCGGTCGCCACTGAACGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAACGGCGCGGGACTGCTGTATCAAGGGTATGTTGAAACGTCTAACGTCAACGTGGCGGAAGAACTGGTCAATATGATTCAGGTGCAACGCGCTTACGAAATCAACAGTAAAGCGGTGTCCACCACCGATCAGATGCTGCAAAAACTGACGCAACTCTAAGGCTTAACCGGTGGCAG > NC_000913/1134939‑1135528 | ggggTACGCCCGGTCGCCAATGAACGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCAGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCAAGGCAGCTCAGGTTCAAGtt > 2:33580/1‑300 (MQ=255) gggTACGCCCGGTCGCCACTGAACGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTg > 1:753387/1‑300 (MQ=255) tACGCCCGGTCGCCACTGAACGCTTACACAGCCATGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGc < 2:7911/300‑1 (MQ=255) tACGCCCGGTCGCCACTGAACGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCATGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCANGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACNGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGc < 2:546142/300‑1 (MQ=255) cGCCACTGAACGCTTACACAGCCAGGGAAGCCTGTCGCAGACCAACAACAGCGAATATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCTTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCCGTTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGGGCAGCCAGCGATCACCATTCCGTCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAATAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAAtct < 2:231626/300‑1 (MQ=255) cGCCACTGAACGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGTTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAAtct < 1:512111/300‑1 (MQ=255) tgtgtataagagacaggCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTACAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAAAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGAAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTcacc < 1:253742/284‑1 (MQ=255) cGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCttt > 1:23664/1‑300 (MQ=255) cGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTACGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCAACACCttt > 2:242066/1‑300 (MQ=255) cGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAAGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCttt > 2:76115/1‑300 (MQ=255) cGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATGCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGATCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCttt > 1:726567/1‑300 (MQ=255) cGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCANTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCttt > 1:556587/1‑300 (MQ=255) cGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGAGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGACAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCttt > 2:67272/1‑300 (MQ=255) ttACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTatg < 1:155020/300‑1 (MQ=255) gCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGaca > 1:706563/1‑300 (MQ=255) gCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCAACATCGGTCGTGAGGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGaca > 2:480198/1‑300 (MQ=255) gCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGANCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGNGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTAACCACCTTTATGAATGaca > 2:634164/1‑300 (MQ=255) gCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTACAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCAAGGAAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTcaccctgtctcttatacaca > 2:252468/1‑284 (MQ=255) gAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGc < 1:487524/300‑1 (MQ=255) 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agggcTTTTTCCAGTTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTg < 1:488886/300‑1 (MQ=255) gggcTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGc < 1:141620/300‑1 (MQ=255) ggcTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCANTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCANCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCa > 2:538818/1‑300 (MQ=255) 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ggTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGNGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAAc < 1:567920/300‑1 (MQ=255) ggTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAAc < 1:259709/300‑1 (MQ=255) ttCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAACgg < 1:469753/300‑1 (MQ=255) tcatcaGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAACGgc > 1:518976/1‑300 (MQ=255) gCCTATCCCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTCACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTCTGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAACGGCGCGGGa > 1:321188/1‑300 (MQ=255) gCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAAGTTGGGCAGCTCAATCTCANCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAACGGCGCGGGa > 1:568740/1‑300 (MQ=255) 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GGGGTACGCCCGGTCGCCACTGAACGCTTACACAGCCAGGGAAACCTGTCGCAGACCAACAACAGCAAAGATGTCGCGATTAAAGGGCAGGGCTTTTTCCAGGTGATGTTGCCAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTG‑ACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCTGGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGATCACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTCAGCGTAACCCAACAAGGCCAGGCAGCTCCGGTTCAGGTTGGGCAGCTCAATCTCACCACCTTTATGAATGACACCGGGCTGGAGAGCATTGGCGAAAACCTCTACACCGAAACGCAATCCTCTGGTGCACCGAACGAAAGCACGCCGGGCCTGAACGGCGCGGGACTGCTGTATCAAGGGTATGTTGAAACGTCTAACGTCAACGTGGCGGAAGAACTGGTCAATATGATTCAGGTGCAACGCGCTTACGAAATCAACAGTAAAGCGGTGTCCACCACCGATCAGATGCTGCAAAAACTGACGCAACTCTAAGGCTTAACCGGTGGCAG > NC_000913/1134939‑1135528 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |