Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 202,615 | C→T | S19L (TCA→TTA) | lpxA → | acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 202,615 | 0 | C | T | 98.9% | 347.9 / NA | 93 | S19L (TCA→TTA) | lpxA | acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (52/40); minor base G (0/1); total (52/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
CAGGTATTCTGGCGTTTAAAAGCGTAGGAAAACTGGAACCGGGTGAGCTGTACTACTTCGCTGGTATTGACGAAGCGCGCTTCAAGCGCCCGGTCGTGCCTGGCGATCAAATGATCATGGAAGTCACTTTCGAAAAAACGCGCCGCGGCCTGACCCGTTTTAAAGGGGTTGCTCTGGTCGATGGTAAAGTAGTTTGCGAAGCAACGATGATGTGTGCTCGTAGCCGGGAGGCCTGATACGTGATTGATAAATCCGCCTTTGTGCATCCAACCGCCATTGTGGAAGAGGGCGCGTCAATTGGCGCGAACGCACACATTGGTCCTTTTTGTATCGTTGGACCCCATGTCGAAATTGGTGAGGGTACCGTACTGAAATCTCACGTTGTCGTGAATGGTCATACTAAAATTGGCCGCGATAATGAGATTTATCAGTTCGCCTCCATCGGCGAAGTTAACCAGGATCTGAAATATGCTGGCGAACCGACCCGTGTGGAAATCGGCGATCGTAACCGCATTCGCGAAAGCGTCACCATTCATCGTGGCACAGTCCAGGGCGGTGGATTGACGAAGGTGGGCAGCGACAAC > NC_000913/202321‑202904 | cAGGTATTCTGGCGTTTAAAAGCGTAGGAAAACTGGAACCGGGTGAGCTGTACTACTTCGCTGGTATTGACGAAGCGCGCTTCAAGCGCCCGGTCGTGCCTGGCGATCAAATGATCATGGAAGTCACTTTCGAAAAAACGCGCCGCGGCCTGACCCGTTTTAAAGGGGTTGCTCTGGTCGATGGTAAAGTAGTTTGCGAAGCAACGATGATGTGTGCTCGTAGCCGGGAGGCCTGATACGTGATTGATAAATCCGCCTTTGTGCATCCAACCGCCATTGTGGAAGAGGGCGCGTTAATTg > 1:683737/1‑300 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |