| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 897,642 | G→A | V187I (GTC→ATC) | potI → | putrescine ABC transporter membrane subunit PotI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 897,642 | 0 | G | A | 94.0% | 198.9 / NA | 67 | V187I (GTC→ATC) | potI | putrescine ABC transporter membrane subunit PotI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base A (39/24); total (43/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGTCGCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTCCGGGCCGGGAGCCACCACGTTACCGATGCTGGTCTTTTCCAGCGTGCGGATGGGGGTGAATCCGGAAATCAACGCCCTGGCAACATTGATCCTCGGCGCGGTCGGAATTGTCGGATTTATCGCCTGGTATCTGATGGCTCGCGCAGAAAAACAGCGGATACGCGACATCCAGCGTGCAAGACGTGGCTGAAGAC > NC_000913/897360‑897933 | tttGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCATCATTACGCTACCgatg < 1:284982/300‑1 (MQ=255) ttGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCATCATTACGCTACCgatga > 1:631159/1‑300 (MQ=255) tGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCATCATTACGCTACCgatgat < 1:606547/300‑1 (MQ=255) tGGCAGGTGTTGCGGAGCAAATGGCTTGACCTTTATAAGCATCGTTCCGCGGGTAAGGTTAGAGGTTATCACGGGCGGGTCGCTGTTTTTGTTATGCTTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGATGGCCTACGGACCGCGGCATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTATACGGCTTATGGGGCGGTCGTGATTTCTCCAAGATTGCGGGAACTGGATCACTCGGTAGAAGAAGCATCGATGGATCTTGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCATCATTACGCTACCgatgat < 2:667939/300‑1 (MQ=255) tCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCATCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCAtt > 1:637596/1‑300 (MQ=255) gttttGCCTTTATGATCACCGCGCCGCGGGTAATGCCGGATGTCGTCATGGGCTTTTCGCTTGTGTTATTATGCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGNGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCGCTTTTTGTACGGCTTATTTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACGGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCATCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCAGTTctggct < 2:689998/298‑1 (MQ=255) gCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTNTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGAAACCGCTAAAAATNTTTGTAATCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTa > 2:738473/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |