Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 871,045 | G→A | V27I (GTC→ATC) | gsiC → | glutathione ABC transporter membrane subunit GsiC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 871,045 | 0 | G | A | 98.7% | 274.7 / NA | 79 | V27I (GTC→ATC) | gsiC | glutathione ABC transporter membrane subunit GsiC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (24/54); minor base C (1/0); total (25/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGT > NC_000913/870749‑871338 | ttCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTAGTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTAGGTGCTGGTGTTTTTATTTATcc > 2:277484/1‑300 (MQ=255) gCTCATGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAACGACCCGCGTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCGGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCGGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACATTAAAAACCTGACCGGTTTGTGGATCATGCCAGACACCGGCTGCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGATGGGAATGCTGAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATCCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGGGTTTATTTATCCATAtgc < 2:615468/300‑1 (MQ=255) gCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCTGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATAtgc < 1:801637/300‑1 (MQ=255) gCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATAtgc < 1:182718/300‑1 (MQ=255) 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gATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGTTGTCGGCATACAGTAAAAACCCGACCGGTGTTTGGATCATGCCAGACACCGACTTCAGCTGTGAGGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGTAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTGACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGAt < 2:351407/300‑1 (MQ=255) gATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAANCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGAt < 1:555793/300‑1 (MQ=255) gATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTAGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGAt > 2:483238/1‑300 (MQ=255) 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ccGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGc > 1:228427/1‑300 (MQ=255) ggaagatggttttaagaacaaaGTAAGAATCTGAGCGGTTTTGGGAGCACGACAGACGCCGGCTTCAGCGGGGAAAACTCATATTTGCAATAAGAAACGAAGGGAGTGGAAGGCTAAATTACGTTATCACACGCTGACGGGGGTGAACTCCGACGCTGTCCATCGTCTCGGTGCTGTTGTTTGGAGTTATCCATATGCTGCCCGGCGAGCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAACTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCAcc < 2:115344/279‑1 (MQ=255) aaaaaCTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTATCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCa < 1:11805/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |