| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,602,942 | G→A | G375G (GGG→GGA) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,602,942 | 0 | G | A | 99.0% | 336.4 / NA | 96 | G375G (GGG→GGA) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (62/33); total (62/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCGGCGCAATCTCCGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGGGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCGCAGCATGCCTGATTGGTTGCCTCGCGATATCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTATTACTTTCTGTGGTGCGCCGCGCAGTACACACGCTGAAGAGGCACAGGAAGTGCCA > NC_000913/2602660‑2603230 | gATCGGCGCAATCTCCGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGAt > 1:211950/1‑300 (MQ=255) tCGGCGCAATCTCCGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCTTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCNGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGc < 1:567154/300‑1 (MQ=255) aTCTCCGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACa > 2:618437/1‑300 (MQ=255) ctcCGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGCCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGc < 1:132516/300‑1 (MQ=255) ccGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGNTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCg > 2:703926/1‑300 (MQ=255) cTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCgcagca < 1:403021/300‑1 (MQ=255) cTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTAGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCCCGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTAGGCGAGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCAGGAAATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCgcagca > 2:273145/1‑300 (MQ=255) cTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCATGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCACCCATGTGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCAGTGGACAGCCgcagca > 1:100908/1‑300 (MQ=255) tGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATAGCAAACGCCTGCTGGCCTGGAGTACCGGCGAAAACGGCGGCAGTATTTTGCTGGCAGTCGGTTTGGCGATGGTCGGTCTGTTACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACGGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCGCAGCATGcc < 2:682350/300‑1 (MQ=255) ggCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGAGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCGCAGCATGCCTg > 1:593672/1‑300 (MQ=255) 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GATCGGCGCAATCTCCGCGCTCCTGGGCGTGCTATATGCGCTGGCGGAACAGGATATCAAACGGCTGCTGGCCTGGAGTACCGTCGAAAACGTCGGCATTATTTTGCTGGCAGTCGGTGTGGCGATGGTCGGTCTGTCACTGCACGACCCGCTGCTCACCGTGGTTGGACTGCTCGGCGCACTGTTTCATCTGCTCAACCATGCGCTGTTCAAAGGGCTGCTATTTCTCGGCGCGGGAGCGATTATTTCGCGTTTGCATACCCACGACATGGAAAAAATGGGGGCACTAGCGAAACGGATGCCGTGGACAGCCGCAGCATGCCTGATTGGTTGCCTCGCGATATCAGCCATTCCTCCGCTGAATGGTTTTATCAGCGAATGGTACACCTGGCAGTCGCTGTTCTCACTAAGTCGTGTGGAAGCCGTAGCGCTACAACTTGCGGGTCCTATTGCTATGGTAATGCTGGCAGTCACTGGTGGGCTGGCAGTAATGTGCTTCGTAAAAATGTACGGTATTACTTTCTGTGGTGCGCCGCGCAGTACACACGCTGAAGAGGCACAGGAAGTGCCA > NC_000913/2602660‑2603230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |