| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,604,840 | C→T | S265F (TCC→TTC) | lsrD → | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,604,840 | 0 | C | T | 97.6% | 277.7 / ‑4.4 | 82 | S265F (TCC→TTC) | lsrD | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (42/38); minor base G (1/1); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGTAGGTCGTTCCGTTAGCCTGCATCGCCAGCAAATTAAAGAGTGGCTGGCGCGTCGGGCCAATAACCCATTGCCATAAAGGATATCTTCATGACACTTCATCGCTTTAAGAAAATCGCCTTACTTAGCGCTCTTGGCATTGCCGCAATCTCTATGAATGTGCAGGCC > NC_000913/1604549‑1605128 | ttATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCg > 1:651341/1‑300 (MQ=255) ttCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCAGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCAcc > 1:224245/1‑300 (MQ=255) ttCCTGATATGTCTACTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCGATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCAcc > 2:309790/1‑300 (MQ=255) gTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCgg > 1:288694/1‑300 (MQ=255) ttttCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAg > 1:215683/1‑300 (MQ=255) ctggctGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATAttt < 1:744960/300‑1 (MQ=255) ggctGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGc > 1:296675/1‑300 (MQ=255) tGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGcaac < 1:358294/300‑1 (MQ=255) gCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTNCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGNATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTGCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGcaaca > 2:523706/1‑300 (MQ=255) aaaCCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGtt > 1:172698/1‑300 (MQ=255) 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aTTGGGCAAAGCCCGCGCGTTGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGgtg < 1:140027/300‑1 (MQ=255) aTTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGgtg < 1:458738/300‑1 (MQ=255) ggCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCTTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCGCCGCCGTGGTGTTTGGCGGGGCCAATGTTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAGGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCa > 2:160167/1‑300 (MQ=255) ggCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCa > 1:467217/1‑300 (MQ=255) cgTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCgg < 1:219464/300‑1 (MQ=255) gcTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCt > 1:667695/1‑300 (MQ=255) 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ccAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTAG‑CTTATGATGCACGACATCACAGCAGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATCATCGGCACAGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTc > 2:151187/1‑300 (MQ=255) cAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGGGTCG‑CTTCTGATGCCCGCCATCACCGCAGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACAGCCAGTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCg > 2:367905/1‑300 (MQ=255) cAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACNGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCg > 1:577171/1‑300 (MQ=255) aGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGt < 1:356879/300‑1 (MQ=255) aGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCAGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGt > 2:450540/1‑300 (MQ=255) cactgTACCTTAGGTGCGCTCTGTTCCATGACTGTCCTTTCGTCTTCGGTCGCCTCTGTGCTGCGGGTATCGTGTTTTTCCTCATCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCG‑TTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTTCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGGAGGt < 2:786855/296‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |