| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,490,240 | 0 | G | T | 28.0% | 227.7 / 12.9 | 126 | intergenic (‑54/+16) | yfdV/oxc | putative transport protein YfdV/oxalyl‑CoA decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/47); new base T (0/35); total (44/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GGAGAAAAAGAAACATCCGACAATAACCACAAGTGATACAAGGGTCAGACGAGTGTCCGCAAAAATCATTTCCCTGTTTGCCCGAGTAATAGATACAAATAGAGCCGCAGGAAGCGCGTAGTTTAATACCAGTTTATTAAATGCCCGAGCTTGATCTTCTGAAAATGTTTCTCGTCTGCCGCTAAAATAACCCAACAGCATGATTACGATAATAGGCAATAAATCGCCAATAAAAAATGTTAGCATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCAC‑CATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAA > NC_000913/2489941‑2490536 | gtagaAAAAGAAACATCCGACAAGAACCACAAGTGATACAAGGTTCAGACGAGTGTCCGCAAAAATCATTTCCCTGTTTGCCCGAGTAATAGATACAAATAGAGCCGCAGGAAGCGCGTAGTTTAATACCAGTTTATTAAATGCCCGAGCTTGATCTTCTGAAAATGTTTCTCGTCTGCCGCTAAAATAACCCAACAGCATGATTACGATAATAGGCAATAAATCGCCAATAAAAAATGTTAGCATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCAC‑CATCGCATAATGAGTTGGCAAgagg < 1:258136/298‑1 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aaTGAGTTGGCAAGAGTAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATg < 1:457473/300‑1 (MQ=255) ggCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCatt > 1:667888/1‑300 (MQ=255) gaggagACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCGTGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTNCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTACTCTGTAGATGCCGCCATTATTaa > 2:591312/1‑300 (MQ=255) | GGAGAAAAAGAAACATCCGACAATAACCACAAGTGATACAAGGGTCAGACGAGTGTCCGCAAAAATCATTTCCCTGTTTGCCCGAGTAATAGATACAAATAGAGCCGCAGGAAGCGCGTAGTTTAATACCAGTTTATTAAATGCCCGAGCTTGATCTTCTGAAAATGTTTCTCGTCTGCCGCTAAAATAACCCAACAGCATGATTACGATAATAGGCAATAAATCGCCAATAAAAAATGTTAGCATAATAGTATTTCCGATAAGGGTCCCCTCAC‑CATCGCATAATGAGTTGGCAAGAGGAGACGATGTCAGTATTTAATTACCAGCGACTTGTTTTGGGTTAAGTTTGGTAATATGGCCACTTTCAGTTCCTGCTGCAGGGTCGATGACCACATTAATAATGGTCGGTTTGCGCGACTGAATACCGGTGGTTAAAGCATGACGAAGTTCATCTGTCGTGGTGACGTTATAGCCAACGCCACGAAACGCATCCATTAATTTGTCATACCTTGCATGGTGCAACAGATCCGTTGGTGATGGTGCACCAGCGCCACTGAGATCAACACCGTCTCCTCTGTAGATGCCGCCATTATTAA > NC_000913/2489941‑2490536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |