| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 538,075 | 0 | A | G | 28.1% | 131.9 / 17.6 | 82 | D148G (GAT→GGT) | ybbW | putative allantoin transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/31); new base G (23/0); total (51/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGA > NC_000913/537780‑538368 | ggcggcTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTACATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTc < 1:131833/300‑1 (MQ=255) gcTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCActc < 1:640592/300‑1 (MQ=255) gcTTTTTTATCCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTTGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTTGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCActc < 1:410061/300‑1 (MQ=255) aTTCTCGGCTTGTCTATCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGc < 1:415730/300‑1 (MQ=255) aTTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCAGGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGc < 1:326890/300‑1 (MQ=255) ttCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTTGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGcc < 1:327985/300‑1 (MQ=255) ttCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGcc < 1:744875/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |