Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 90,435 | T→C | R114R (CGT→CGC) | rsmH → | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 90,435 | 0 | T | C | 99.0% | 323.7 / NA | 95 | R114R (CGT→CGC) | rsmH | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (44/50); total (45/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGTCAGCCGCTGAATGGCTACAAACCGCAGAAGAAGCCGATATCGCCTGGGTATTGAAAACCTATGGTGAAGAGCGTTTTGCCAAACGCATTGCCCGCGCCATTGTCGAGCGTAACCGCGAACAGCCGATGACCCGCACCAAAGAACTGGCGGAAGTCGTGGCTGCTGCAACGCCGGTGAAAGATAAGTTTAAACATCCCGCGACCCGTACCTTCCAGGCGGTGCGCA > NC_000913/90146‑90721 | gcgagatgtgtataagagacagCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCt > 1:849853/22‑300 (MQ=255) cAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTAt > 1:413529/1‑300 (MQ=255) aaTAGCCGTCCGAATGGCATCTACATTTATTGGGTTTTTGTTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTATg < 2:310107/300‑1 (MQ=255) cGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTATGCGCGAt < 1:428765/300‑1 (MQ=255) ggCATCTACATTGATGGGACTTTTGTTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTAGTGATGATCCGCGCTTCTCCANCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGNCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTg < 2:601140/300‑1 (MQ=255) atcgaCATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACTTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGTTGGAc < 2:669516/296‑1 (MQ=255) atcgaCATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGAc < 2:418340/296‑1 (MQ=255) 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atgatgCTGAGCGCGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGTCAGCCGCTGAATGGCTACAAACCGCAGAAGAAGCCGATATCGCCTGGGTATTGAAAACCTATGGTGAAGAGCGTTTTGCCAAACGCATTGCCCGCGCCATTGTCGAGCGTAACCGCGAACAGCCGATGACCCGCACCAAAGAACTGGCGGAAGTCGTGGCTGCTGCAACGCCGGTGAAAGATAAGTTTAAACATCCCGCGACCCGTACCTTCCAGGCGGTGCGCa > 2:474366/1‑300 (MQ=255) | GCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCCTCGATCTTGGCGTCTCTTCACCGCAACTTGATGATGCTGAACGTGGCTTTTCCTTTATGCGCGATGGTCCGCTGGACATGCGTATGGACCCAACCCGTGGGCAGTCAGCCGCTGAATGGCTACAAACCGCAGAAGAAGCCGATATCGCCTGGGTATTGAAAACCTATGGTGAAGAGCGTTTTGCCAAACGCATTGCCCGCGCCATTGTCGAGCGTAACCGCGAACAGCCGATGACCCGCACCAAAGAACTGGCGGAAGTCGTGGCTGCTGCAACGCCGGTGAAAGATAAGTTTAAACATCCCGCGACCCGTACCTTCCAGGCGGTGCGCA > NC_000913/90146‑90721 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |