Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 12,152 | 0 | G | T | 30.2% | 199.7 / 19.6 | 126 | intergenic (‑366/‑11) | yaaI/dnaK | DUF2541 domain‑containing protein YaaI/chaperone protein DnaK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/47); new base T (0/38); total (41/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTT‑GCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAATTAT > NC_000913/11853‑12443 | gaTTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTT‑GCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTgg > 1:403360/1‑300 (MQ=255) tAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGNGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTT‑GCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGTAGACGTTTAGAt < 2:774158/300‑1 (MQ=255) tAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTT‑GCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGAt < 1:56712/300‑1 (MQ=255) aaTCTTTTTTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAANTTTT‑GCATCTCCCCCTTGATTACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGTAGACGTTTAGATg < 2:206917/300‑1 (MQ=255) 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cacaTGATGAACGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCcatca > 2:381617/1‑300 (MQ=255) aCCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGACCCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTACAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCa > 2:787274/1‑300 (MQ=255) aaTATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAat < 1:12082/300‑1 (MQ=255) atatatAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAatt > 2:31110/1‑300 (MQ=255) atataGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAattat > 1:82080/1‑300 (MQ=255) atataGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTACATCATGCCGTTCCAAattat > 2:21779/1‑300 (MQ=255) | GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTT‑GCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAATTAT > NC_000913/11853‑12443 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |