| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 480,295 | 2 bp→AA | coding (13‑14/219 nt) | hha ← | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 480,295 | 0 | G | A | 99.4% | 605.0 / NA | 169 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (73/95); total (73/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 480,296 | 0 | G | A | 100.0% | 612.9 / NA | 169 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (73/96); total (73/96) | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
AGATCACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGTTGA > NC_000913/480005‑480578 || gATCACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGGGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGa > 2:347262/1‑300 (MQ=255) acaTAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGAGAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGNCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATa > 2:628312/1‑300 (MQ=255) acaTAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGAGAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATa > 2:728771/1‑300 (MQ=255) caTAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATAc > 1:288183/1‑300 (MQ=255) 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AGATCACATAGGGTATGTCTTCATGGCGAAAAAGTATAAAATTCTTAATAAACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGCGAAGGTCGCAATATGCTCAATCAGTTCATTCAACTGGAGGTTGA > NC_000913/480005‑480578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |