Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 66,323 | G→A | D76D (GAC→GAT) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 66,323 | 0 | G | A | 98.7% | 262.2 / NA | 78 | D76D (GAC→GAT) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (38/39); total (38/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAAACGGGCCGTGGGAATGGACCAGAACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCAAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCGCCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATA > NC_000913/66028‑66618 | caactgggCCGTGAGAATGGACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGAAGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCACGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGAGAGTGTGTGTGCACAATGCCGACAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCCGTCGGTGAGTTGGCGTATCgg > 2:481137/6‑300 (MQ=255) gAATGGACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTc > 1:370493/1‑300 (MQ=255) gACCAGGACGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCACCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAATCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCAcc > 1:146835/1‑300 (MQ=255) aCGCCGGGCATTTGCGCTGCATCGATACCCTGGTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAAcc < 2:533316/300‑1 (MQ=255) cATTTGCGCTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGGGTGTGTGTGCACAATGCCACCCATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGCGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCAATTCAcc > 2:326511/1‑300 (MQ=255) gcgcTGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGttt < 1:820988/300‑1 (MQ=255) tGCATCGATACCCTGTTTTTCGAAGGTTGCTACGACGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGTTCATTGTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCTTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGAt < 2:140624/300‑1 (MQ=255) 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aTACCCTGTTGTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGGTTCCCACTCATATNCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTGGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCTTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAAcc < 2:623236/300‑1 (MQ=255) cTGTTTTTCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCNTTGATTTCTTCGTCGTTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGAc < 2:636597/300‑1 (MQ=255) cTGTTTTTCGAAGGTCTCTACGATGACGTTACCGGTGTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGAc < 2:415795/300‑1 (MQ=255) tttCGAAGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCNTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCatat < 1:598886/300‑1 (MQ=255) tcgaaGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCg < 1:549315/297‑1 (MQ=255) aGGTTTCTACGATGACGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCgctgt < 1:105695/300‑5 (MQ=255) 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cGTTACCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCATGGGTGGTGCAGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTTCACCATGCCGACCATGGACGGGAATGCCTGACAGAGTAGTCAGTGAGTTGGAGTATCAGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCAACGGTCTCGATGCTAACCCCGACCATCTCGTCAACGGTCATGATGCTGt > 2:440325/1‑300 (MQ=255) aCCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGTTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGNGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACNGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATc < 2:573151/300‑1 (MQ=255) aCCGGTTTCCCACTCATATTCACCGTTGATTTCTGCGTCGGTCATTTTGCGGGTGCAGGGAATGGTGCCGTAGAAATAGTCGGCGTGGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATc < 2:28595/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |