| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,556,486 | C→T | intergenic (‑166/‑88) | yjiC ← / → ytiC | DUF2686 domain‑containing protein YjiC/protein YtiC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,556,486 | 0 | C | T | 99.4% | 654.3 / ‑4.7 | 173 | intergenic (‑166/‑88) | yjiC/ytiC | DUF2686 domain‑containing protein YjiC/protein YtiC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (108/64); total (109/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
AATCCATGCGTGCATATTTTAATTTACGTGTAAACTCACTGTCGACTATTGGGTGATGAAGGAAGTGAGCATCTGTAATAATTTGACTCTGAAGGGCATTGCTTAATGGCATAGACATAATAGTTACCTTTTATGAGTATTTCACTGATGTTTAGAAAAATAGATAAATTTTTCTGTAGTAAAAAGAGAAGTAAACAAATGACATGCATGTTTCTGTTGT‑AGTGATATCAACTCTACACGGTGATATTAAAGGGTAGGAAACACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAATTTATATTATTTACAAACTAATTGTTTCAAATAATACATGGCTGATTATGCGGAAATAAATAATTTCCCACCGGAATTAAGTAGCAGCGGTGACAAGTATTTTCATCTACGTAACTATTCGGAATATTCAGAATATACTAGCGGTTTTTTTTTGAG > NC_000913/4556203‑4556772 | aaTCCATGCGTGCATATTTTAATTTACGTGTAAACTCACTGTCGACTATTGGGTGATGAAGGAAGTGAGCATCTGTAATAATTTGACTCTGAAGGGCATTGCTTAATGGCATAGACATAATAGTTACCTTTTATGAGTATTTCACTGATGTTTAGAAAAATAGATAAATTTTTCTGTAGTAAAAAGAGAAGTAAACAAATGACATGCATGTTTCTGTTGT‑AGTGATATCAACTCTACACGGTGATATTAAAGGGTAGGAAACACTCTAAAGTATCAAAAAACGTTCATTTAAAATTAttt < 1:702435/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |