| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 92,810 | T→C | T466T (ACT→ACC) | ftsI → | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 92,810 | 0 | T | C | 99.0% | 334.0 / ‑6.0 | 97 | T466T (ACT→ACC) | ftsI | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (56/40); total (56/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCATTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCAC‑TGTGGTGCATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCAGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATCGCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACATCAATAAATATATTGCTTATACCGCAGGCGTTGCGCCTGCGAGTCAGCCGCGCTTCGCGCTGGTTGTTGTTATCAACGATCCGCAGGCGGGTAAATACTACGGCGGCGCCGTTTCCGCGCCGGTCTTTGGTGCCATCATGGGCGGCGTATTGCGTACCATGAACATCGA > NC_000913/92518‑93103 | tAGCGATTCCGTCCTCATCGTTATTGGATACTTACTCACGTTTTGTACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCAC‑CGTGGTGc < 1:179593/300‑1 (MQ=255) 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TAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCATTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCAC‑TGTGGTGCATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCAGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATCGCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACATCAATAAATATATTGCTTATACCGCAGGCGTTGCGCCTGCGAGTCAGCCGCGCTTCGCGCTGGTTGTTGTTATCAACGATCCGCAGGCGGGTAAATACTACGGCGGCGCCGTTTCCGCGCCGGTCTTTGGTGCCATCATGGGCGGCGTATTGCGTACCATGAACATCGA > NC_000913/92518‑93103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |