Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 89,321 | A→G | intergenic (+289/‑313) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 89,321 | 0 | A | G | 91.1% | 481.3 / NA | 157 | intergenic (+289/‑313) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (83/60); minor base T (0/14); total (83/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGA > NC_000913/89022‑89615 | tAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGAc > 1:448501/1‑300 (MQ=255) 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cAAGCGCCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAAt < 1:566971/300‑1 (MQ=255) gcgcCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTAACTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCTTCCGCTCCGTCAACTCCTTTAAGTGGGAAATtgt > 2:482496/1‑300 (MQ=255) gcgcCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACAGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGAATGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTGCAGTGGGAAATtgt > 2:127471/1‑300 (MQ=255) acacaGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGc > 1:78160/1‑300 (MQ=255) cacaGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCa > 1:802247/1‑300 (MQ=255) gACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGt > 2:760401/1‑300 (MQ=255) | GCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGA > NC_000913/89022‑89615 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |