| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 89,316 | T→C | intergenic (+284/‑318) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,316 | 0 | T | C | 99.4% | 595.1 / NA | 161 | intergenic (+284/‑318) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (83/77); minor base A (1/0); total (84/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGT > NC_000913/89020‑89611 | cAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACANCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGCAAc > 1:611623/1‑300 (MQ=255) 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gcgcCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTAACTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCTTCCGCTCCGTCAACTCCTTTAAGTGGGAAATtgt > 2:482496/1‑300 (MQ=255) gcgcCACACAGACGCAACAGGGACTGTTAACAGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGAATGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTGCAGTGGGAAATtgt > 2:127471/1‑300 (MQ=255) acacaGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAANGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGc > 1:586188/1‑300 (MQ=255) acacaGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGc > 1:78160/1‑300 (MQ=255) cacaGACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCa > 1:802247/1‑300 (MQ=255) gACGCAACAGGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTGCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGt > 2:760401/1‑300 (MQ=255) | CAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGT > NC_000913/89020‑89611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |