| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 77,117 | G→A | R61R (CGC→CGT) | sgrR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,117 | 0 | G | A | 98.9% | 323.3 / ‑6.1 | 90 | R61R (CGC→CGT) | sgrR | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (41/48); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCGATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACCAGTTGATCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCGCGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATT > NC_000913/76822‑77412 | ccTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCTGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGcc < 2:164798/300‑1 (MQ=255)ccTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGcc > 2:45979/1‑300 (MQ=255) gCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACg < 1:483776/300‑1 (MQ=255) caatatGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCAAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGCCAGCCAGCCGCGATCCTGCa > 2:375605/3‑300 (MQ=255) gATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACNGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCAt < 2:202260/300‑1 (MQ=255) aatatGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCNAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCAt < 2:756680/299‑1 (MQ=255) aatatGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCAt < 1:265131/299‑1 (MQ=255) aatatGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCAt < 2:49719/299‑1 (MQ=255) aatatGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATGACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGTTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGTCAGCCCGGTATAGAGGAACGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCAt < 1:455742/299‑1 (MQ=255) gggTTTNGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATNGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGgtgt < 2:696969/300‑1 (MQ=255) 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tCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGc < 1:323585/300‑1 (MQ=255) gcGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGGAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTTAAGCGCCAGCCCGGTATAGATGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGGTGAGc < 1:682710/299‑1 (MQ=255) ggCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTgc < 1:781490/300‑1 (MQ=255) 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gcAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCa < 1:804787/300‑1 (MQ=255) gcgagatgtgtataagagacagttACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCat > 1:654153/23‑300 (MQ=255) cAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGNCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCNCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCat < 2:672160/300‑1 (MQ=255) cgcTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATgac < 1:83950/300‑1 (MQ=255) gCCAGGTGGCAGATGACGTAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGAGGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGGCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTTCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGacgacg < 2:94892/300‑1 (MQ=255) gCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGATGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGacgacg > 1:30341/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |