Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 141,849 | 0 | C | A | 27.7% | 226.0 / 11.6 | 119 | P140Q (CCG→CAG) | hpt | hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CTGCTGCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGTGGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCCAGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAATGGT > NC_000913/141551‑142148 | ctgctgCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCg > 1:355552/1‑300 (MQ=255) cATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCAGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCg > 1:306928/1‑300 (MQ=255) tttatgtttatgGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGt > 2:660059/1‑300 (MQ=255) gACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTCGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGAt > 1:184585/1‑300 (MQ=255) 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CTGCTGCGTGGCTCATTTATGTTTATGGCGGACCTGTGCCGTGAAGTTCAGGTATCTCATGAAGTCGACTTTATGACCGCCTCCAGCTACGGTAGCGGCATGTCCACCACCCGTGATGTGAAAATCCTCAAAGATCTGGATGAAGATATCCGTGGCAAGGACGTGCTGATTGTTGAAGATATCATCGACTCGGGGAATACACTGTCGAAAGTGCGTGAGATCTTAAGCCTGCGCGAACCGAAGTCGCTGGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGTGGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCCAGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAATGGT > NC_000913/141551‑142148 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |