| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 66,494 | G→A | H19H (CAC→CAT) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 66,494 | 0 | G | A | 96.0% | 248.2 / ‑5.3 | 75 | H19H (CAC→CAT) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (30/42); minor base C (3/0); total (33/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTGGTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGACCCGCCTGCGCCCAGATGGTGGCGTGGCGCGAGTGCGTATGCACAATGCCGCCAATGGAGGGGAATGCCTGATAGAGCAGCCGGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGCGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCGTTGAATGCCGGATGCGCTTTGCTTATCCGGCCTACAAAATCGCAGCGTGTAGGCCAGATA > NC_000913/66199‑66788 | gggtggTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGtt < 1:121369/300‑1 (MQ=255)gggtggTGCCGGTTGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGGGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGtt < 1:799579/300‑1 (MQ=255) tGCTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGAACATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCAGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGAAGTTGCCCCATGTGAGCGTGAACAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAg > 1:222235/1‑300 (MQ=255) cTGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGt < 1:262000/300‑1 (MQ=255) tGGAATCGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGNGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGCTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGNCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTCTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGtt < 2:694946/300‑1 (MQ=255) cGACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAGTGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGAATGCCTGATAGAGCAGTCGGTGAGTTGGCGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTATGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGcctc > 1:386491/1‑297 (MQ=255) gACTGGCCCGCCTGCGCCCAGATAGTGGCGTGGCGCGAATGTGTGTGCACAATGCCGCCAATGGACGGGGATGCCTGATGGGGCAGTCGGTGAGGTGGTGTATCGGAGGAGGGCTTTTTCGCACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTGACCACGAACATATCGTCAGCGGTCATGATGCTGTAATCGACGACAGAAGATTTGATCCCAAAGACACCACGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAACGTGCCCAGGTTCGGTTTTGGCAACGCCAggcttgcctct > 2:383639/1‑291 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |