| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,484,827 | C→T | L152F (CTT→TTT) | evgS → | sensor histidine kinase EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,484,827 | 0 | C | T | 99.2% | 422.4 / NA | 119 | L152F (CTT→TTT) | evgS | sensor histidine kinase EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (54/64); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
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ggTAACCACCTTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTAACAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGa > 2:490567/1‑300 (MQ=255) tAACCACCTTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAAt > 1:325884/1‑300 (MQ=255) aaCCACCTTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATNGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTNGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAATc < 2:789361/300‑1 (MQ=255) | CGAGCAAAAAAAATCTTGTGATTGCAGTACATAAGTCCCAAACGGCTACGTTGTTGCATACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAATC > NC_000913/2484531‑2485119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |