Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 82,957 | C→T | V191V (GTG→GTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 82,957 | 0 | C | T | 98.9% | 302.6 / NA | 87 | V191V (GTG→GTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (31/55); minor base G (0/1); total (31/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCAGCTTGGTGGCGATGTGCATTGGCGAAGTGGCAATAAAGGTATGAATACGGAAG > NC_000913/82663‑83251 | gCCAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTTATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTAcgcg < 2:782588/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |