| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 77,027 | A→G | D91D (GAT→GAC) | sgrR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,027 | 0 | A | G | 98.8% | 285.4 / NA | 82 | D91D (GAT→GAC) | sgrR | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (35/46); minor base T (1/0); total (36/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCTGGACGCAAAAAGAAACGCCAGTGAAGCGGTGAAATTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCGATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACCAGTTGATCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCGCGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAA > NC_000913/76738‑77321 | cTCCTGGACGCAAAAAGAAACGCCAGTGAAGCGGTGATATTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGAt > 1:530238/1‑300 (MQ=255) ccTGGACGCAAAAATAAACGCCATTTAAGCGTTGATATTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATcc < 2:115831/300‑1 (MQ=255) ccTGGACGCAAAAAGAAACGCCAGTGAAGCGGTGATATTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATcc > 1:167836/1‑300 (MQ=255) gCCAGTGAAGCGGTGATATTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTccg < 1:157453/300‑1 (MQ=255) aGCGGTGATATTTGCTGCCAGTGGTGGGTGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGt < 2:93525/300‑1 (MQ=255) aGCGGTGATATTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGACAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGt > 2:314450/1‑300 (MQ=255) tgataTTTGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTg < 1:82692/296‑1 (MQ=255) tgagctttGCTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGAGAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTg < 2:298176/295‑1 (MQ=255) ggtggGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCGTTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGtat < 1:364049/300‑1 (MQ=255) ggtggGCAATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCATTTATGCGCATTAGCGAACTGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGtat < 1:32389/300‑1 (MQ=255) 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aatatGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCAt < 1:663356/299‑1 (MQ=255) tttCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCCCGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGa > 1:406823/1‑300 (MQ=255) tttCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGa > 1:407743/1‑300 (MQ=255) tctgAACGGCGCAATGCGCTGCCAGTTAGCAGATTACGCAACGTACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGc < 2:279599/297‑1 (MQ=255) tCGGAACTGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATTAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGc < 2:190491/300‑1 (MQ=255) tCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGTTGGTCGATACGATCCTGCTCCANCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGNCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGc < 2:609748/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |