| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,085 | T→C | S233S (AGT→AGC) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,085 | 0 | T | C | 99.4% | 584.8 / NA | 161 | S233S (AGT→AGC) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (85/75); total (85/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
CATTAACGCCGGGCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACAC > NC_000913/70797‑71371 | cATTAACGCCGGGCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAgct > 1:325717/1‑300 (MQ=255)cATTAACGCCGGGCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTNAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAgct > 2:645883/1‑300 (MQ=255) gggCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACCGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCAAATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGc > 2:429684/1‑300 (MQ=255) ggCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGCCCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCa > 2:409607/1‑300 (MQ=255) gCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGTCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCAc < 2:723091/300‑1 (MQ=255) cAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGATGCTTTTGAGCAcc > 1:169525/1‑299 (MQ=255) ggggAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCCGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACTTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCaccacc > 2:723565/1‑300 (MQ=255) gggAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCAccc < 1:499506/300‑1 (MQ=255) gggAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGACAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAAGACCAACGTATCAGCAAGGCGAAGCTGCTTTTGAGTACCAccc > 2:226252/1‑300 (MQ=255) gggCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATg < 1:283661/300‑1 (MQ=255) 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aGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCg < 2:495027/300‑1 (MQ=255) ggCGATAAATCTGCTTGAGAAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCgtcggtcg > 1:540379/1‑300 (MQ=255) cGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGTGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGAAAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTCGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTCAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAACTGCTTTTGGGTACCACCCGGATGCCTATCGCAACCGTCGGTCGCa > 2:79643/1‑300 (MQ=255) 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tGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAAc > 1:486049/1‑300 (MQ=255) ttGCGGCGCATTGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGAGGGATAATCTGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGGTATGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAGCGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGTTTTTGACGATCAACTCTAt < 2:558/299‑1 (MQ=255) gcggcgCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTAttt < 2:307091/300‑1 (MQ=255) gcggcgCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTAttt < 1:663784/300‑1 (MQ=255) gcATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTNTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACANCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTcgc > 2:562139/1‑300 (MQ=255) cGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCATCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTa > 2:810728/1‑300 (MQ=255) 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atccaCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTAGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCa > 2:117080/1‑300 (MQ=255) caCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGNAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGNTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGcc < 2:785612/300‑1 (MQ=255) ccGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTAAATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCcg > 2:783068/1‑300 (MQ=255) 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tCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTACTTCTAGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCNGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCGAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGAAGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATg > 2:203408/1‑300 (MQ=255) cTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGATTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGc < 1:103829/300‑1 (MQ=255) ttAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGTTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCa < 2:522574/300‑1 (MQ=255) ttAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCa < 1:173350/300‑1 (MQ=255) gCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGTTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCa < 1:660853/300‑1 (MQ=255) gCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCa < 1:803757/300‑1 (MQ=255) 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CATTAACGCCGGGCAAGGGGAAGGGCGCTATTCGGAGCTGCTGGCGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACAC > NC_000913/70797‑71371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |