| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,978,083 | +A | coding (115/351 nt) | flhD ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,978,083 | 1 | . | A | 98.0% | 547.0 / 5.0 | 154 | coding (115/351 nt) | flhD | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base A (81/70); total (81/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TGATCAATTCCATTGCCAGCTGAATATCCCGCGCTTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCAT‑T‑TATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTACAC > NC_000913/1977784‑1978372 | tGATCAATTCCATTACCAGCGGAATATCCCGCGCTTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCATGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGGCAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCAt‑t < 2:510535/300‑1 (MQ=255) 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tttCTTCATCA‑TATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGGTGATGTCATAAATGTGTTCCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCTGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGGTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAAGATGTCCTTACAAATAGAAAGGGGTCTTTacac < 1:277128/300‑1 (MQ=255) tttCTTCAT‑TATATGCCTAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 2:659685/300‑1 (MQ=255) tttCTTCAT‑TATATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTacac < 1:126893/300‑1 (MQ=255) | TGATCAATTCCATTGCCAGCTGAATATCCCGCGCTTCCTGAACAATGCTTTTTTCACTCATGATCAGGCCCTTTTCTTGCGCAGCGCTTCTTCAGGCTGATTAACATCATTCAGCAAGCGTGTTGAGAGCATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCAT‑T‑TATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACCCAGAATAACCAACTTTATTTTTATGCGGTTTCACCGCACCCCGTGATGTCGCCGGGAAGCCCCGGTAAAAAATAATTAGCATTAGAATAGTTGCGATAAGCTGCAATAAGCAGAACCACCTTTTTGGTTTAATATGTCCTTACAAATAGAAATGGGTCTTTACAC > NC_000913/1977784‑1978372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |