| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,882,934 | C→T | G402E (GGG→GAG) | casA ← | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,882,934 | 0 | C | T | 98.8% | 583.3 / NA | 164 | G402E (GGG→GAG) | casA | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); major base T (82/78); minor base G (1/1); total (83/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TTGATGGCCCTCCTTGCGGTTTTAACTCCCGTAAATGTTTGTATAGCGTGGCGCGGGCAAGCGCTAATGTG‑CTTATTAATTTAGGATGATGTGCATAGGGAGCTACAGATTGATTAAATAGCATTTCACACAATTGATGAAGTTTGTCTCGTAAATCAGCTATTACCTCATCAGCCTGGGAAAAATTAACATTCGCCAGTACATCGGGAATTAATAATTCACTCTGTCGATAGAAATGCCTTTCTGCAGTCTCATGAACAGAGACTCCGGCCCCTTTGAAGTCTTTATTTTTAAACCCTTCTGCAAAGGTATATAACGCCTTGCGTAAGGCTGTTTTATATCCCAAACCAACAGTCACTATTTCGTTTATCACATTGCCGTATTGTTGCCACCCCTGATTAAACATCAACACATCATGACGCCGTTCAAGAATAGATGCTTGATTATTACGATATCCCCCCATAATCAATTCAAGAGGACTTTGCGGCGCAATATTTCTGAATTGATTCACAACCGCCGCCACGCGATTTCCATTTTCATTTTGAATAATCTTATCTACCACAACTCGGCTGATTTGTGTCCATGATGG > NC_000913/2882638‑2883226 | ttGATGGCCCTCCTTGCGGTTTTAACTCCCGTAAATGTTTGTATAGCGTGGCGCGGGCAAGCGCTAATGTG‑CTTATTAATTTAGGATGATGTGCATAGGGAGCTACAGATTGATTAAATAGCATTTCACACAATTGATGAAGTTTGTCTCGTAAATCAGCTATTACCTCATCAGCCTGGGAAAAATTAACATTCGCCAGTACATCGGGAATTAATAATTCACTCTGTCGATAGAAATGCCTTTCTGCAGTCTCATGCACAGAGACTCCGGCCCCTTTGAAGTCTTTATTTTTAAACTCtt > 1:267829/1‑300 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tttttAAACTCTTCTGCAAAGGTATATAACGCCTTGCGTAAGGCTGTTTTATATCCCAAACCAACAGTCACTATTTCGTTTATCACATTGCCGTATTGTTGCCACCCCTGATTAAACATCAACACATCATGACGCCGTTCAAGAATAGATGCTTGATTATTACGATATCCCCCCATAATCAATTCAAGAGGACTTTGCGGCGCAATATTTCTGAATTGATTCACAACCGCCGCCACGCGATTTCCATTTTCATTTTGAATAATCTTATCTACCACAACTCGGCTGATTTGTGTCCaggat < 1:725124/300‑1 (MQ=255) tttttAAACTCTTCTGCAAAGGTATATAACGCCTTGCGGAAGGCTGTTTTATATCCCAAACCAACAGTCACTATTTCGTTTATCACATTGCCGTATTGTTGCCACCCCTGATTAAACATCAACACATCATGANGCCGTTCAAGAATAGATGCTTGATTATTACGATATCCCCCCATAATCAATTCAAGAGGACTTTGCGGCGCAATATTTCTGAATTGATTCACAACCGCCGCCACGCGATTTCCATTTTCATTTTGAATAATCTTATCTACCACAACTCGGCTGATTTGTGTCCatgat < 2:187822/300‑1 (MQ=255) tttAAACTCTTCTGCAAAGGTATAGAACGCCTTGCGTAAGGCTGTTTTATATCCCAAACCAACAGTCACTATTTCGTTTATCACATTGCCGTATTGTTGCCACCCCTGANTAAACATCAACACATCATGACGCCGTTCAAGAATAGATGCTTGATTATTACGATATCCCCCCATAATCAATTCAAGAGGACTTTGCGGCGCAATATTTCTGAATTGATTCACAACCGCCGCCACGCGATTTCCAGTTTCATTTTGAATAATCTTATCTACCACAACTCGGCTGATTTGTGTCCATGATgg < 1:617663/300‑1 (MQ=255) | TTGATGGCCCTCCTTGCGGTTTTAACTCCCGTAAATGTTTGTATAGCGTGGCGCGGGCAAGCGCTAATGTG‑CTTATTAATTTAGGATGATGTGCATAGGGAGCTACAGATTGATTAAATAGCATTTCACACAATTGATGAAGTTTGTCTCGTAAATCAGCTATTACCTCATCAGCCTGGGAAAAATTAACATTCGCCAGTACATCGGGAATTAATAATTCACTCTGTCGATAGAAATGCCTTTCTGCAGTCTCATGAACAGAGACTCCGGCCCCTTTGAAGTCTTTATTTTTAAACCCTTCTGCAAAGGTATATAACGCCTTGCGTAAGGCTGTTTTATATCCCAAACCAACAGTCACTATTTCGTTTATCACATTGCCGTATTGTTGCCACCCCTGATTAAACATCAACACATCATGACGCCGTTCAAGAATAGATGCTTGATTATTACGATATCCCCCCATAATCAATTCAAGAGGACTTTGCGGCGCAATATTTCTGAATTGATTCACAACCGCCGCCACGCGATTTCCATTTTCATTTTGAATAATCTTATCTACCACAACTCGGCTGATTTGTGTCCATGATGG > NC_000913/2882638‑2883226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |