| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 285,196 | G→A | intergenic (+28/‑199) | yagF → / → yagG | D‑xylonate dehydratase/putative D‑xylonate transporter YagG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 285,196 | 0 | G | A | 99.2% | 429.2 / NA | 128 | intergenic (+28/‑199) | yagF/yagG | D‑xylonate dehydratase/putative D‑xylonate transporter YagG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (66/61); minor base C (1/0); total (67/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGATTGCCGTGGATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCGCCTGCGGCTTCGTCTGGCAGGCCACGATGTTCCTGCTGGCC > NC_000913/284903‑285487 | agaTTGCCGTGGATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCAGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGAAATAtt > 2:529312/1‑300 (MQ=255) tGCCGTGGATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGAAATATTTccc < 1:255698/300‑1 (MQ=255) gCCGTGGATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCNCGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCNGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGAAATATTTCCCg > 2:568034/1‑300 (MQ=255) gCCGTGGATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGAAATATTTCCCg > 2:646470/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |