| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 736,715 | C→T | intergenic (+16/‑1377) | ybfQ → / → ybfD | inactive transposase YbfQ/H repeat‑associated putative transposase YbfD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 736,715 | 0 | C | T | 98.8% | 276.2 / NA | 82 | intergenic (+16/‑1377) | ybfQ/ybfD | inactive transposase YbfQ/H repeat‑associated putative transposase YbfD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (48/33); total (49/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTACACCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGTGCATAAATTGTCAGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCCAG‑GGAAAGATCACGTAACGCTACT‑‑‑TTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTAT‑ACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATTCCCGATTACAGATAAGCCTGGAAAGTAGAGCATAAATTGTCAGGCATCCTACTATTGACTATTTTTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAAGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTCTTGAAGCAATATGG > NC_000913/736429‑737009 | taaataaGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTACACCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGTGCATAAATTGTCAGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCCAG‑GGAAAGATCACGTAACGCTACT‑‑‑TTTTTGTATTAAATAATTCGCa > 1:373697/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |