| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,222,690 | G→A | intergenic (‑203/+114) | arpA ← / ← iclR | regulator of acetyl CoA synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor IclR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,222,690 | 0 | G | A | 99.3% | 497.6 / ‑4.2 | 138 | intergenic (‑203/+114) | arpA/iclR | regulator of acetyl CoA synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor IclR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (66/71); minor base C (1/0); total (67/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
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tGAGTTAATAAAAGTATGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGccc < 1:533970/300‑1 (MQ=255) aataaAAGTATGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCCAGTGc < 1:439278/300‑1 (MQ=255) aaGTATGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCCAGTGCATGtt < 1:200564/300‑1 (MQ=255) | TATAAAACAATTCACTCAGGGTTTGGTGTTCATTTGTCTGGGCTGTATTATTAATATTTGCAGAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCGTAAAAGTTTCGGTGGAATGAGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCCAGTGCATGTT > NC_000913/4222394‑4222985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |