| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,799,201 | C→T | A38T (GCA→ACA) | waaU ← | putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,799,201 | 0 | C | T | 99.6% | 934.4 / NA | 259 | A38T (GCA→ACA) | waaU | putative ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (146/112); minor base G (0/1); total (146/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TGATAATATTAAGCTATGCTTAAATGAGGGCATAGTTTCAAAGGGGTCTAATACAATATCGAACTGTAAATCCCGCAGATGCTTACATAGAGTAAGCATTTCAAGAAAACCGGTTGATTCTTTAATACAGAACTCAAATATATTTTTATTATTAGAGAGAAATTCCCCACCCTTTCTATTTGTGAGAAGAGTTATTTTAACCCCTTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATTATCATGAATAATAAGGCATGATTTAACTTGTGCTGGATCTGTAATTTGATTATTTATTTTATTACGAAATAAAAAAGAAAGGAAATTAATCTTGATTTTGTTTATATAAAATCTTTTCTTTTTGTGAAAAGTTCCTAAGCGCATTTTTATACCATATTATTTTAGTTTCAGGATGATTAATTAGCATAAGAATCGGTTGAAGTTCTATATTGCATTTTTTTTCTTGTCATATCTTTTGATTCTTCTGCACTGATGTCTTGAAGTTTAATAAATGGAATTACATCGTAAGAAATAGCTGTATCATCTGATAAATTATAAATATTAATAT > NC_000913/3798905‑3799496 | tGATAATATTAAGCTATGCTTAAATGAGGGCATAGTTTCAAAGGGGTCTAATACAATATCGAACTGTAAATCCCGCAGATGCTTACATAGAGTAAGCATTTCAAGAAAACCGGTTGATTCTTTAATACAGAACTCAAATATATTTTTATTATTAGAGAGAAATTCCCCACCCTTTCTATTTGTGAGAAGAGTTATTTTAACCCCTTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATTATCATGAATAATAAGGCATGATTTAACTTGTGTTgg > 1:159261/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |