Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 12,152 | 0 | G | T | 36.0% | 119.3 / 13.3 | 86 | intergenic (‑366/‑11) | yaaI/dnaK | DUF2541 domain‑containing protein YaaI/chaperone protein DnaK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/30); new base T (0/31); total (25/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAAT > NC_000913/11853‑12440 | gaTTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTgg < 1:550466/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |