| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,136,467 | 0 | A | C | 34.9% | 53.2 / 13.0 | 44 | E120D (GAA→GAC) | yijE | cystine exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/21); new base C (15/0); total (23/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTCATGAAGCAAGTCACCAGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGC > NC_000913/4136187‑4136763 | ttttCATGAAGCAAGTCACCAGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAat < 1:652557/300‑1 (MQ=255) cAGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCATGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGc > 2:492429/1‑300 (MQ=255) aGTTACATCGGTGCCTTCGACTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGNGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGAAGTGGGCAATATTTCGAGATTCTGATTGcc > 2:190755/1‑300 (MQ=255) aCTTTACCGCCTTACGCTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGAAATGTTTAGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTgg > 2:48605/1‑300 (MQ=255) cTGCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGNCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCNTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGACCGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCa > 2:612723/1‑300 (MQ=255) gCATTTTCGGCGCTCTCGTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGACCGCCTGCGACGTGGGCAATATTTAGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAAc > 2:373847/1‑300 (MQ=255) gTTTTATTCATCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGACCGCATGCGAAGTAGGCAATATTTCGAGATTGTGATTGCAGATGTAGGCTGATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTAGATTTCTATTAGATg > 2:197661/1‑300 (MQ=255) tCGTCCTTTTATTACGTGGTCGCGGAATGCACCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGTCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCa < 1:65024/300‑1 (MQ=255) taCGTGGTCGCGGAATGCGCCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATTGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATcc < 1:712110/300‑1 (MQ=255) gcCCGACACCGTTTAAATACACCTTAGCCATNGCCCTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATNCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGACCGCCTGCGCCGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTACGGCGTCAGTTggg > 2:531908/1‑300 (MQ=255) 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cTGTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGTGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGcc < 1:708992/300‑1 (MQ=255) gTTACAAACCTTCGGGATGTTTGGTCTGGCGCAGTGGGCGTGGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAAGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCGGGGAACGCCTGCGACGTGGGCAATATTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCg < 1:698644/300‑1 (MQ=255) gTTACAAACCTGCGGGATGGTTGGTCTGGCGNAGTGGGCGTTGGTCAGCGGAGGTGCGGGGAAGGTGGCGATCCTGAGCTATACCATGCCGTTCTGGGTGGTGATTTTCGCCGCGTTGTTTCTCNGTGACCGCCTGCGAAGTGGGCAATGTTTCGCGATTCTGATTGCCGCTTTCGGCTTATTTTTGGTGTTGCAGCCGTGGCAACTCGATTTCTCTTCGATGAAAAGTGCCATGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGTGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCg > 2:546750/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |