Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,073,613 | 0 | G | T | 27.9% | 159.7 / 10.8 | 86 | R692L (CGG→CTG) | flu | self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/25); new base T (0/24); total (37/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGG‑TGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATG > NC_000913/2073318‑2073908 | ttCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGNGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCNGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGG‑TGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGAc < 2:572623/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |