| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGACGC > NC_000913/1015190‑1015786 | cTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTcc > 1:456419/1‑300 (MQ=255) 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atatAACCGTCTACGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCAACAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCa > 2:47200/1‑300 (MQ=255) atatAACCGTCTACGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAATTATGATTCGCGGTATTGCTTCACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACCGTCTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACAAGGCATGAAGNGACAAAAAAGAGATCGCCCGGAACGGGCACCTCAAAGTGGTTATCAGGCCGGCa > 2:654540/1‑300 (MQ=255) tataACCTTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACNAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCAt < 1:633621/300‑1 (MQ=255) tctcCGGTATGTTGCCTGATGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGAc < 1:193778/300‑1 (MQ=255) tcCGGTATGTTGCCTTAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTAGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGACGc < 1:559700/300‑1 (MQ=255) tcCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTGGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGACGc < 1:560140/300‑1 (MQ=255) | CTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGACGC > NC_000913/1015190‑1015786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |