Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 12,152 | 0 | G | T | 29.9% | 212.1 / 10.6 | 117 | intergenic (‑366/‑11) | yaaI/dnaK | DUF2541 domain‑containing protein YaaI/chaperone protein DnaK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/39); new base T (0/35); total (43/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAATTATTG > NC_000913/11853‑12445 | gaTTCAGGCACTTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTgg < 1:869093/300‑1 (MQ=255) 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atgatgACCGAATATATAGTGTAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGc < 1:339058/300‑1 (MQ=255) atgatgACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTNCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGc < 1:624167/300‑1 (MQ=255) atgatgACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGc < 1:409781/300‑1 (MQ=255) aaTATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGNAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTACATCATGCCGTTCAAAat > 2:752797/1‑300 (MQ=255) aaTATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAat > 1:223371/1‑300 (MQ=255) atatatAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCATTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAatt > 1:311039/1‑300 (MQ=255) | GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAATTATTG > NC_000913/11853‑12445 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |