| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,384,299 | G→A | E61E (GAG→GAA) | ycjX → | DUF463 domain‑containing protein YcjX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,384,299 | 0 | G | A | 98.5% | 230.5 / NA | 67 | E61E (GAG→GAA) | ycjX | DUF463 domain‑containing protein YcjX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (39/27); total (39/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGCCGGTCGATGACAACACGGGCAGTTGATAATCAATGGCCTGGCCCCCACATTCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAGCGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGGCCAACGCCAACGCGCGGCGTCAGTGAAATCCGCCTGGCGCTACGTTTTAAATCGAATGATTCGCTGCTACGCCACTTTAAGGATACCTCCACGCTGTATCTGGAAATTGTGGATTATCCCGGCGAATGGTTGCTCGACCTGCCGATGCTGGCGCAGGACTATTTAAGCTGGTCGCGCCAGATGACGGGCT > NC_000913/1384009‑1384591 | tCGCCGGTCGATGACAACACGGGCAGTTGATAATCAATGGCCTGGCCCCCACATTCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCctgctg < 1:217679/300‑1 (MQ=255) gCCGGTCGATGACAACACGGGCAGTTGATAATCAATGGCCTGGCCCCCACATTCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTNTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGNTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTggg < 2:584988/300‑1 (MQ=255) cGATGACAACACGGGCAGTTGATAATCAATGGCCTGGCCCCCACATTCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGaa > 1:728098/1‑300 (MQ=255) aTGACAACACGGGCAGTTGATAATCAATGGCCTGGCCCCCACATTCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCNACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAAc < 2:714012/300‑1 (MQ=255) 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ttCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGa > 1:515775/1‑300 (MQ=255) ttCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCATGCTGGGCGTGCAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGa > 1:240845/1‑300 (MQ=255) ccTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTAGCTGTAACAGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTNAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAggg > 2:597536/1‑300 (MQ=255) ccTTACGAATGATTTTTTCTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGNGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGGGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAggg < 2:609684/300‑1 (MQ=255) tttCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATgg < 1:3133/300‑1 (MQ=255) cTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATTAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTNGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGACGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCAc > 2:598214/1‑300 (MQ=255) 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gcaCAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGgcc > 1:198433/1‑300 (MQ=255) gcaCAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCAACTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGgcc > 2:288241/1‑300 (MQ=255) gcaCAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCATGCTGGGCGTGAAACGCATTCACCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGgcc > 2:209242/1‑300 (MQ=255) gcaCAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTNGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCACTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTCTATGGCGATCCACCCGCCCGgcc > 2:197758/1‑300 (MQ=255) gcaCAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTAGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGgcc > 1:386659/1‑300 (MQ=255) ggACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAACGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGgccaacgc > 1:530994/1‑300 (MQ=255) 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TCGCCGGTCGATGACAACACGGGCAGTTGATAATCAATGGCCTGGCCCCCACATTCATATCCTTACGAATGATTTTTTTTCTGGTCTTCAGAGCAGCACAGGACAGCAATGAAGCGACTTAAAAATGAACTCAATGCGCTGGTGAATCGGGGTGTCGACAGACATCTGCGCCTCGCTGTAACCGGACTTAGCCGCAGCGGCAAAACAGCGTTTATCACCGCGATGGTTAATCAGTTGCTTAATATTCACGCCGGAGCACGTTTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGCGTGAAGAGCGCCTGCTGGGCGTGAAACGCATTCCCCAGCGTGACTTTGGCATTCCGCGCTTCACCTATGACGAAGGGCTGGCGCAGTTATATGGCGATCCACCCGCCTGGCCAACGCCAACGCGCGGCGTCAGTGAAATCCGCCTGGCGCTACGTTTTAAATCGAATGATTCGCTGCTACGCCACTTTAAGGATACCTCCACGCTGTATCTGGAAATTGTGGATTATCCCGGCGAATGGTTGCTCGACCTGCCGATGCTGGCGCAGGACTATTTAAGCTGGTCGCGCCAGATGACGGGCT > NC_000913/1384009‑1384591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |