| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,384,749 | C→T | A304V (GCG→GTG) | yjeM → | putative transporter YjeM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,384,749 | 0 | C | T | 99.2% | 433.0 / NA | 122 | A304V (GCG→GTG) | yjeM | putative transporter YjeM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (34/86); minor base G (0/1); total (35/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GGTCTGGCAATGCTATCGTTTGTGGTATTTGCCATTTTTGCCTATGGCGGAATTGAAGCGGTTGGTGGTCTGGTCGATAAAACGGAAAATCCAGAAAAGAACTTTGCCAAAGGTATTGTTTTTGCCGCTATTGTTATTTCAATCGGTTATTCGCTGGCAATATTTTTATGGGGCGTCAGCACAAACTGGCAGCAGGTATTAAGTAATGGTTCCGTTAACCTCGGCAATATTACCTATGTGCTGATGAAGAGCCTTGGGATGACGCTGGGTAATGCACTGCATTTGTCACCTGAAGCGTCATTGTCGCTGGGCGTATGGTTTGCGCGTATTACTGGACTTTCGATGTTCCTCGCCTATACCGGTGCGTTCTTTACGCTTTGCTATTCACCGTTGAAAGCCATCATCCAGGGGACGCCGAAAGCATTGTGGCCGGAACCGATGACGCGCCTGAATGCGATGGGGATGCCGTCTATCGCCATGTGGATGCAGTGCGGGTTGGTTACTGTCTTCATCCTGCTGGTTTCGTTTGGTGGCGGTACCGCATCGGCGTTCTTTAACAAGCTGACGCTGATGGCGAACGTGTCTATGAC > NC_000913/4384454‑4385043 | ggTCTGGCAATGCTATCGTTTGTGGTATTTGCCATTTTTGCCTATGGCGGAATTGAAGCGGTTGGTGGTCTGGTCGATAAAACGGAAAATCCAGAAAAGAACTTTGCCAAAGGTATTGTTTTTGCCGCTATTGTTATTTCAATCGGTTATTCGCTGGCAATATTTTTATGGGGCGTCAGCACAAACTGGCAGCAGGTATTAAGTAATGGTTCCGTTAACCTCGGCAATATTACCTATGTGCTGATGAAGAGCCTTGGGATGACGCTGGGTAATGCACTGCATTTGTCACCTGAAGTGTCa > 1:143334/1‑300 (MQ=255) 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gTAATGCACTGCATTTGTCACCTGAAGTGTCATTGTCGCTGGGCGTATGGTTTGCGCGTATTACTGGACTTTCGATGTTCCTCGCCTATACCGGTGCGTTCTTTACGCTTTGCTATTCACCGTTGAAAGCCATCATCCAGGGGACGCCGAAAGCATTGTGGCCGGAACCGATGACGCGCCTGAATGCGATGGGGATGCCGTCTATCGCCATGTGGATGCAGTGCGGGTTGGTTACTGTCTTCATCCTGCTGGTTTCGTTTGGTGGCGGTACCGCATCGGCGTTCTTTAACAAGCTGACGc > 2:239469/1‑300 (MQ=255) gTAATGCACTGCATTTGTCACCTGAAGTGTCATTGTCGCTGGGCGTATGGTTTGCGCGTATTACTGGACTTTCGATGTTCCTCGCCTATACCGGTGCGTTCTTTACGCTTTGCTATTCACCGTTGAAAGCCATCATCCAGGGGACGCCGAAAGCATTGTGGCCGGAACCGATGACGCGCCTGAATGCGATGGGGATGCCGTCTATCGCCATGTGGATGCAGTGCGGGTTGGTTACTGTCTTCATCCTGCTGGTTTCGTTTGGTGGCGGTACCGCATCGGCGTTCTTTAACAAGCTGACGc < 1:476126/300‑1 (MQ=255) tttGTCACCTGAAGTGTCATTGTCGCTGGGCGTATGGTTTGCGCGTATTACTGGACTTTCGATGTTCCTCGCCTATACCGGTGCGTTCTTTACGCTTTGCTATTCACCGTTGAAAGCCATCATCCAGGGGACGCCGAAAGCATTGTGGCCGGAACCGATGACGCGCCTGAATGCGATGGGGATGCCGTCTATCGCCATGTGGATGCAGTGCGGGTTGGTTACTGTCTTCATCCTGCTGGTTTCGTTTGGTGGCGGTACCGCATCGGCGTTCTTTAACAAGCTGACGCTGATGGCGAACgt > 1:386537/1‑300 (MQ=255) 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GGTCTGGCAATGCTATCGTTTGTGGTATTTGCCATTTTTGCCTATGGCGGAATTGAAGCGGTTGGTGGTCTGGTCGATAAAACGGAAAATCCAGAAAAGAACTTTGCCAAAGGTATTGTTTTTGCCGCTATTGTTATTTCAATCGGTTATTCGCTGGCAATATTTTTATGGGGCGTCAGCACAAACTGGCAGCAGGTATTAAGTAATGGTTCCGTTAACCTCGGCAATATTACCTATGTGCTGATGAAGAGCCTTGGGATGACGCTGGGTAATGCACTGCATTTGTCACCTGAAGCGTCATTGTCGCTGGGCGTATGGTTTGCGCGTATTACTGGACTTTCGATGTTCCTCGCCTATACCGGTGCGTTCTTTACGCTTTGCTATTCACCGTTGAAAGCCATCATCCAGGGGACGCCGAAAGCATTGTGGCCGGAACCGATGACGCGCCTGAATGCGATGGGGATGCCGTCTATCGCCATGTGGATGCAGTGCGGGTTGGTTACTGTCTTCATCCTGCTGGTTTCGTTTGGTGGCGGTACCGCATCGGCGTTCTTTAACAAGCTGACGCTGATGGCGAACGTGTCTATGAC > NC_000913/4384454‑4385043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |