| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,511,196 | G→A | S76F (TCC→TTC) | yhfY ← | PRD domain‑containing protein YhfY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,511,196 | 0 | G | A | 99.1% | 368.2 / NA | 105 | S76F (TCC→TTC) | yhfY | PRD domain‑containing protein YhfY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/57); minor base C (1/0); total (48/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATCTTGCCCTGCTGCCACAGGCTTAGTGCGGCGGAAATCAGCGCCGGGTTCTGGCGTTTCAATGCTTCTACAAACATCTTGTTGCCTCGTTTCTGTTCCTTGAATTAAATATTCATTTTTTTGAATATTTAGGTTGTGCGACGTGGATTTGTCGGGAGCTTCAAACCTCTTCGTTAGCAGCCATCCATAATCCATAAAGGTTGGCCAGCAAATAGCCTTCTTCACACGGGTTAACTTCCAGTGCGAATTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGG > NC_000913/3510900‑3511485 | aTCTTGCCCTGCTGCCAGAGGCTTAGTGCGGCGGAAATCAGCGCCGGGTTCTGGCGTTTCAATGCTTCTACCCCCATCTCGTTGCCCCGTTTCTGTTCCTTGAATTAACTACTCATTTTTTTGCNTATTTAGGCTGTGCAACGTAGATTCGTCGAGAGCTCCCAACCTCTCCGTCAGCAGCCATCCNTACTCCCTAAAGGTTATCCAACAAATAGCCTTCCTAACACGGGTTAACTTCCATTGCGAATTCCATAAAAAACACCTGATGCAATTGCCCAACGGCTTGCCAGCGGCTGAAtt > 2:641216/1‑300 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tcAGTGGCTGAATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATggg < 2:439098/299‑1 (MQ=255) ccAGTGGCTGAATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATggg < 2:509861/300‑1 (MQ=255) ccAGTGGCTGAATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATggg < 1:4852/300‑1 (MQ=255) | ATCTTGCCCTGCTGCCACAGGCTTAGTGCGGCGGAAATCAGCGCCGGGTTCTGGCGTTTCAATGCTTCTACAAACATCTTGTTGCCTCGTTTCTGTTCCTTGAATTAAATATTCATTTTTTTGAATATTTAGGTTGTGCGACGTGGATTTGTCGGGAGCTTCAAACCTCTTCGTTAGCAGCCATCCATAATCCATAAAGGTTGGCCAGCAAATAGCCTTCTTCACACGGGTTAACTTCCAGTGCGAATTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGG > NC_000913/3510900‑3511485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |